我们讲，要了解保税区的增值税政策，首先要了解什么是保税制度、什么是保税区。保税制度，是由国家在港口或机场附近设立保税区、保税仓库或保税工厂，外国商品运进这些保税区域不算进口，不交纳进口税；保税区是海关监管的实行境内关外管理的特定区域，保税区的货物可以在区内企业之间转让、转移，出口他国（地）完全自由，进入国内市场要按进口征收关税和增值税。内地货物进入保税区按正常出口管理，转口货物和在保税区内仓储的货物按照保税货物管理。
了解了保税制度和保税区的基本概念之后，我们来一同分析近年来各项政策变化对保税区增值税政策把握和增值税征收管理的影响。
一、非保税区运往保税区的货物征税政策对保税区增值税政策的影响。
财税字[1995]92号第六条规定，1995年7月1日起“对非保税区运往保税区的货物不予退（免）税”。应该说，正是这一规定彻底改变了保税区的面目和命运。在此之前，保税区实行的是严格意义上的境内关外管理，内地货物进入保税区视同出口可以办理出口退税。
该规定中“不予退（免）税”应如何理解呢？我们可以从财税字[1997]14号第四条规定得到答案：“出口国家规定不予退税的货物，应按照出口货物所取得的销售收入征收增值税。”另外，大国税发[1999]19号文也明确对92号文件这一规定，应理解为“对销往保税区内的货物应征收增值税”。一句话，就是非保税区运往保税区的货物应当征税。
那么，我们能不能仅仅由于财税字[1995]92号第六条“对非保税区运往保税区的货物不予退（免）税”这一规定，就彻底否定了海关对保税区的监管和保税区作为“境内关外”的相关税收政策呢？答案当然是否定的，因为第六条在规定非保税区运往保税区的货物征税政策的同时明确了，保税区内企业将这部分货物出口或加工后再出口的，可以办理出口退（免）税。这就意味着财税字[1995]92号第六条这一规定仅仅是将出口退税由入区退税后移至离境环节而已。鉴于这样一种认识，海关对保税区的其他监管税务机关仍然是认可的，比方说税务机关对海关按照保税货物管理的转口货物和在保税区内储存的货物仍然不予征收增值税，也即对转口贸易和保税销售不征收增值税；比方说，国税发[2000]165号第二条规定的“保税区外的出口企业开展加工贸易，若进口料件是从保税区内企业购进的，可按现行的进料加工和来料加工税收政策执行”，是国家继续认可保税区除了进区退税之外的“境内关外”身份的具体政策表述之一，例如区外企业将货物以一般贸易的方式报入保税区后，保税区企业再将该货物委托区外企业加工时，海关对区外企业是按照来料加工贸易方式监管的。
我们需要提醒大家的是，财税字[1995]92号第六条规定是迄今为止国家对保税区流转税政策的唯一一个原则性改变。也就是说，此后所有文件中对保税区税收政策所明确的相关变化都由此而来。我们也建议将其作为把握变化中的保税区增值税政策的一个基点。
比如说，财税字（ 1998）116号第二条规定的“保税区内企业办理出口退税，改持海关签发的备案清单及其他有关退税凭证向主管出口退税的税务机关申报办理退税”，是明确出口退税后移至离境环节对退税凭证的要求。
比如说，国税发[2003]139号第六条规定的“保税区内进料加工企业从境外进口料件，可凭保税区海关签发的”海关保税区进境货物备案清单“办理《生产企业进料加工贸易免税证明》等单证”，是出口退税后移至离境环节对免税证明开具的一个补充明确。
二、与保税区设立初衷相近的出口加工区设立对保税区增值税政策的影响
国家税务总局通过国税发[2000]155号文件下发了《出口加工区税收管理办法》，中心内容是指出口加工区同当年的保税区一样也是由海关监管的特殊封闭区域，区外企业运往出口加工区的货物视同出口。我们的考虑是，出口加工区的出现实质上是在1995年7月1日保税区失去完全意义上的境内关外身份后，国家为了鼓励出口加工型企业设立的一个身份类似于当年保税区的一个完全意义上的境内关外的特殊区域。在出口加工区内，税务机关不进行增值税征收管理。一旦货物发生内销，由海关对报关进口的区外企业征收关税和增值税。出口加工区企业委托区外企业进行产品加工，税务机关对区外企业取得的加工费收入征收增值税。同时，出口加工区的地方各税政策等同于区外、所得税政策比照经济技术开发区执行。
应该说，不是财税字[1995]92号文否定了保税区完全意义上的境内关外身份，就不会有现在出口加工区的产生。当然，站在这个角度上讲，保税区若不失去完全意义上的境内关外身份，也就没有1996年大连国税局保税区分局的成立，也就谈不上税务机关对保税区增值税的征管。一句话，出口加工区是将原来意义上的保税区概念内的出口加工型企业规范出来重新形成一个完全意义上的境内关外的特殊区域。由于出口加工区的出现，保税区所谓“境内关外”的光芒更加暗淡了。
三、出口退税率调整对保税区增值税政策的影响
财税[2003]222号文件规定，从2004年1月1日起，出口退税率平均下调4个百分点。另外，国税发[2004]52号文件强调，取消或降低部分货物出口退税率后，不退税部分的税负（征税率与退税率之差），理所当然应由企业负担。对出口不予退税的货物，须视同内销征收增值税、消费税。但是，国税发[1994]031号文件规定，不予退还和免征增值税、消费税的出口货物中不包括进料加工复出口货物。这一点，国税发[2004]52号文件的规定中未给予考虑（据悉，税务总局近期有重新考虑31号文件中进料加工复出口货物不予征税的可能）。根据以上内容，我们来分析一下出口退税率的下调将对保税区增值税政策产生哪些具体影响：
首先，保税区商贸企业将报进保税区的出口货物备案离境业务（以下简称商贸性二次报关业务），出口退税是依据购进价格计算的，仅仅是将退税环节后移至离境环节而已，出口退税率下调导致退税额降低或出口视同内销征税，与区外企业受到的影响相同。
其次，保税区商贸企业将国外货物备案进境后复备案出境业务，是地地道道的转口贸易业务，即使备案出境的是不予退税的货物也不应征税。
第三，保税区商贸企业将备案进境的国外货物在海关保税监管下转让给保税区内的另一个商贸企业或者生产企业，即保税区内的保税销售行为，依据《保税区海关监管办法》不受退税率下调的影响，仍然不征收增值税。
第四，区外进料加工企业将进料加工产品报关销售给保税区商贸企业，保税区商贸企业再将该货物备案离境或者销售给区外另一进料加工企业或者将该货物转入区外企业进行来料加工。在第一个环节，区外进料加工企业将进料加工产品报关销售给保税区商贸企业应该比照《国家税务局关于外商投资企业以进口原材料生产产品报关核销在国内销售给外贸公司如何征税问题的批复》（国税函发[1993]248号）免征增值税。第二个环节，如果保税区商贸企业再将该货物备案离境，应视为保税销售免征增值税；如果再销售给区外另一进料加工企业，由于海关在区外仍以进料加工手册的形式继续对该货物进行保税监管，所以应视为保税销售行为免征增值税；如果将该货物转入区外企业进行来料加工，由于货物所有权已经转移给外商，同时海关继续对该货物以来料加工手册的形式进行保税监管，所以仍应视为保税区企业的保税销售行为而免征增值税。需要注意的是，如果上述货物是国家规定的出口不予退税的货物，则上述环节都要视同内销征收增值税。因为，根据国税发[2004]52号文，即使进料加工企业出口的不予退税货物也要视同内销征收增值税，上述贸易行为的实质不过是将直接出口改变为通过保税区的商贸企业出口而已，如果按照保税销售不征税，势必产生很大的征管漏洞，影响到改革出口退税机制预期目标的实现，也有悖于税收的公平原则。当然，就如前文提及的如果税务总局近期重新考虑1994年31号文件中进料加工复出口货物不予征税的规定，上述业务仍可视为保税销售不征收增值税。
第五，保税区生产企业将自产产品委托代理出口，等同于区外生产企业的自产产品委托代理出口业务，退税率下调导致退税额降低或出口视同内销征税。
第六，保税区生产企业将区外报关购入的原料加工后备案离境的，等同于区外的生产性企业一般贸易出口业务，退税率下调导致退税额降低或出口征税。
第七，保税区生产企业从事进料加工备案离境业务的，按照免抵退税办法管理，等同于区外的生产性企业进料加工复出口业务，退税率下调导致退税额降低或出口征税。
第八，保税区生产企业将以进口原材料生产的产品在海关监管下销售给保税区的商贸公司的业务，应视为保税区内的保税销售业务免征增值税。如果销售的是国家取消出口退税的货物，应比照第四条进行征免税考虑。
第九，按照生产性退税企业管理的保税区工贸企业兼营的商贸性二次报关业务，如果符合视同自产货物规定参与当期免抵退税计算的，退税率下调产生的影响与自产产品相同。这部分兼营的商贸性二次报关业务，如果出口的是国家准予退税的货物可按免税管理；如果出口的是国家不予退税的货物，应视同内销征税。需要注意的是，保税区工贸企业如果兼营的是商贸性委托代理出口业务的，应按照财税字[1995]92号文第二条规定按内销征税。
四、上海外高桥等四个保税区进出口权试点政策对保税区增值税政策的影响
商务部和海关总署在2003年4月29日汇发了《关于在上海外高桥等四个保税区开展赋予区内企业进出口经营权试点工作的通知》（商贸秩[2003]22号），明确了在上海外高桥、天津港、深圳市和厦门象屿等四个保税区开展赋予区内企业进出口经营权的试点工作，进出口权的申办标准和程序与区外所在地区相同。目前，大连保税区物流园也在积极地运作之中。
这真是一个大的政策改变，势必带来一系列的连锁变化。
首先，保税区企业通关双轨制，既可以自营进出口贸易，也可以从事备案进出境业务。
其次，解决了保税区出口退税审核无电子信息的问题。金关工程组成之一是共享海关、国税、外汇管理局数据的口岸电子执法系统，目前国税机关在出口退税审核时要求对审海关的出口报关单电子信息和外管局的核销单电子信息方可办理退税。保税区无出口报关单电子信息的原因在于无口岸电子执法系统，无口岸电子执法系统的原因在于无进出口经营权，说到底病根在于有无进出口经营权问题。
第三，保税区企业拥有进出口权后，可以实现与区外企业贸易地位的平等，解决保税区在进出口贸易中的瓶颈问题，保证了保税区作为经济先导区的政策优势。
第四，所谓有因必有果，正是有了1995年92号文“入区征税”的因，从客观需求上也必然产生解决保税区企业进出口经营权的果。这不是对保税区境内关外界定的背离，而是中国加入世贸后，适应形势必须做出的政策调整。我们可以乐观的预计，所有保税区企业进出口权问题的解决都将指日可待。
五、以“港区联动、入园退税”为特点的保税物流园设立对保税区增值税政策的影响
海关总署在2004年 第10号公告明确，自2004年4月15日起，在外高桥港区设立外高桥保税区的物流园区，开展保税区与港区联动试点。保税物流园区专门发展仓储和物流产业，区内不得开展加工贸易业务。保税物流园区享受保税区相关政策，在进出口税收方面，比照实行出口加工区的相关政策，即国内货物进入园区视同出口，办理报关手续，实行退税；园区货物内销按货物进口的有关规定办理报关手续，货物按实际状态征税；区内货物自由流通，不征增值税和消费税。 据悉，目前大连保税物流园也在积极地筹备中。
所谓“港区联动、入园退税”为特点的保税物流园，实质上是继出口加工区之后原来意义上的保税区概念的又一个子集。出口加工区和保税物流园的出现，可以看作是真正“境内关外”身份的原保税区一分为二的两个替身。出口加工区剥离了出口加工型企业，保税物流园剥离了贸易和仓储物流企业，如果让保税区前期入区的企业重新选择一次，他们还会选择现在已经模糊了身份的保税区吗？当然不会。可是，已投资建厂正常经营的他们要想在出口加工区或者保税物流园重起炉灶又谈何容易。可以想象的是，原有的保税区将来的走向只有两种可能：一是纯洁成现在的出口加工区或者保税物流园，一是拆掉围网，重新投入开发区的怀抱。
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