在调查中统计部门发现，税费改革前农业税按地征收，统筹提留按人征收，现在这两项一律按地征收，影响农民负担的因素由人口向土地转移，出现了新的税负不公。
表现之一是，富裕地区与贫困地区减负幅度不均。由于区域之间经济发展水平不均衡，农民收入也存在不同程度的差异。经济落后地区的农民一般都以农业生产为主，基础设施落后，生产、生活条件差，收入水平低。而富裕地区多是农业生产条件相对较好、产业化程度较高，或是具有区位优势的城郊地带，不论是纯农户还是从事非农产业的农户，收入都相对较高。改革前，贫困地区的税负普遍低于富裕地区；改革后，由于富裕地区的降负空间大，负担降低的幅度远远大于贫困地区，获得财政转移支付的数额也较大。如经济较发达的成都市新都区，农业人口45.39万，2002年获财政转移支付2070万元，平均每个乡镇所获得的财政转移支付达121.76万元。而四川省宣汉县作为国家级贫困县，农业人口总数达97.84万，2002年获财政转移支付4404万元，平均每个乡镇获得财政转移支付60.33万元，两者相差1倍左右。统计部门担心，经济发达地区和贫困地区之间发展差距有可能进一步拉大。
表现之二是，从事农业生产的农民和从事非农产业的农民负担不均。由于税费改革方案中以土地为计税依据，承包土地的多少决定了农民的负担情况，形成了人少地多的农民负担重，而人多地少的农民负担相对较轻；纯农户、种田大户的负担较以前加重，从事非农产业的农民负担减轻。以种地为主的农民不仅要承担农业税，而且要负担村组“一事一议”集资；而未承包土地的农民只负担村组集资，却可以与前者享受均等的农村公共产品，导致了农民之间权利和义务的不对等。这种负担差异不仅影响了农民种田的积极性，也会造成部分农民心理不平衡。
表现之三是，计税依据不准确导致负担不均。改革方案中规定，农民承包土地从事农业生产的，计税土地原则上以农民二轮承包用于农业生产的土地为基础确定。但是二轮承包面积存在不准确的情况较为普遍，例如有些地方土地承包工作没有落实到户，个别地区测算口径不一致，这都导致了农民负担不均。一方面因开荒、复垦等增加的耕地没有纳入计税面积，造成有地无税；另一方面因退耕还林、建设项目占地、小城镇开发建设、水毁等因素使得耕地减少，却没有及时调整计税面积，造成有税无地。
统计部门在调查中还发现，农业税计税要素问题较多。目前，普遍存在的问题是农业税计税面积难以核实。根据规定，农业税计税面积要严格以二轮承包面积为依据，以保持二轮土地承包的严肃性和稳定性。但是很多试点地区都出现了计税面积与实际数不符的情况。如果重新丈量土地，等于事实上否定了二轮承包合同的法律效力，对稳定土地承包不利。如四川省渠县税改前计税面积96.4万亩，在税改中落实的计税面积是88.25万亩，尽管减少了8万多亩，但自执行新的农业税征收办法以来，一部分农户仍然反映面积不实。计税面积不准确的主要原因包括：二轮承包不完善形成的历史遗留问题；兴建水利占地，农户建房批少占多，水毁耕地没有及时上报核减；大量的退耕还林（草）用地仍作为计税面积征收农业税。
统计部门认为，我国农村自然与经济条件差异较大，地区之间经济发展不平衡，在坚持大政策基本统一的前提下，应允许各地制定不同的进一步深化农村税费改革的具体办法，解决试点工作之后仍然存在的税负不公、计税不准等问题，进一步完善定亩、定产、定价、定税等方面的一整套制度办法，使地区之间、农民之间的税负大体趋于合理。
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