众所周知，中国现行的内外资企业所得税制度，对内资企业形成了明显的“逆向歧视”，这无疑有损于内资企业的竞争力，对其造成现实的发展损害。
现实损害
中国入世5周年之际，已经向外资开放了几乎所有民用经济部门，同时取消了对外资企业的外汇平衡、出口实绩、国产化比率等要求，主要贸易伙伴还在不断要求中国进一步削减、乃至彻底取消已经所剩无几的对外资企业的限制。在实践中，不少地方政府甚至将盈利前景好的项目优先提供给外资企业，特别是大型外资跨国公司。中国国民收入增长、国内市场规模扩大也对外商产生了强大的吸引力，在越来越多的部门，越来越多的外资企业从面向出口市场转向国内市场，与内资企业展开了激烈的竞争。以至于国务院发展研究中心有研究结果认为，在对外资开放的28个部门中，已有21个部门形成了外资垄断。对于内资企业而言，“逆向歧视”早已不再是潜在的威胁，而是现实的损害。
享受税收优惠的外资企业过多、优惠过大，相应的后果是税负过多地集中于较少的纳税人身上，导致中国税负过高，一方面抑制了经济活动的正常发展，另一方面激励了偷税漏税等行为。
也许，“逆向歧视”最为严重的后果还在于对国民心态和政府威信的负面影响，它不仅对中国国民的民族自信心形成了潜移默化的损害，而且使得众多国民形成了不信任政府会维护内资企业和本国国民利益的潜意识。在最近的花旗集团并购广发银行股权比例风波中，有媒体称广东发展银行并购案已经尘埃落地，花旗集团方案胜出，花旗集团及其全资子公司AssociatesFirstCapital持有的广发行股权将超过银监会此前规定的外资持股20％上限，甚至可能达到36％，一时国内外舆论哗然，最终竟使银监会主席不得不亲自出面澄清此事。这场风波表明，对于一个独立主权国家政府而言，任何事情都比不上丧失公信力更可悲、后果更令人担忧。
分歧
在这种情况下，两税合一不能不提上议事日程，这项牵涉巨大利益调整的税制改革当然会引起不同的反应。除了企业界之外，由于工作重心不同，政府不同部门之间也存在意见分歧。其中，财政部门主张尽快实施两税合一，主要理由如下：
首先，拖延实施税制并轨将提高其成本。中国税制改革中通常实行新企业新办法，老企业老办法。换言之，在内外资企业所得税并轨的新法出台之后，新成立的企业将适用新法，此前成立的老外资企业则可以继续享受一定年限的税收优惠，待这些优惠到期后再沿用新法。如果两税合并迁延日久，外资在新法生效前成立、因而在税制并轨之后继续享受优惠的公司增多，税制改革成本将提高。有关方面估计，如在数年前并轨，由此减少的财政收入不过200～300亿元；现在实施，减少的财政收入约1500～2000亿元；如果继续拖延，代价会更大。
其次，其他情况不变，对内外资企业统一实施较低的所得税将减少财政收入；目前中国已连续数年税收增长快于GDP增长，国家财力充裕，有能力承担税制改革可能带来的税收减少效应。中国税收高增长主要来自经济增长、政策调整和加强征管3项因素，后面两项因素不可持续，因此税收高增长态势不可能长期维持。国家税务总局测算，从1994年实行现行税制至今，税收实际征收率已经从50％强提高到了70％，税收实际征收率进一步提升的空间有限，边际收益递减。且财政支出通常具有向下刚性，如果拖延时间过长，很可能增长的财政收入已经投入其它用途（包括奢侈浪费的工程项目），而不能用于减轻企业、居民税负了。这样，要实施两税合一，就要避免错过当前税收高增长的时机。
第三，增值税转型已从2004年10月开始在东北地区实行，推广到全国也不会太远，为同步实施企业所得税并轨和增值税转型提供了难得的机遇。对外资企业来说，所得税并轨是增加税负，而增值税转型是降低税负，一增一减，有利于熨平税制改革可能产生的利益波动。
第四，目前，国际收支巨额双顺差表明中国经济外部失衡已经非常严重，而且构成了世界经济失衡的重要组成部分。减少税制对外资的激励性，有助于减缓中国经济外部失衡进一步加剧。
关于两税合一缓行的主张主要是着眼于吸收外资的需要。无论是好是坏，外资企业已经在中国进出口贸易、就业、财政收入中占据了重要地位，尤其是在进出口贸易中多年占据半壁江山。倘若由于税制调整而导致进出口贸易、就业等发生太大波动，显然并不符合国家利益。同时，仍然有人期望跨国公司能够加强对中国的技术转让。在此思路下，这一主张强调国际产业正在加快转移，为中国优化外资结构、提高利用外资的质量和水平提供了稍纵即逝的难得机遇。且国际引资竞争趋向激烈，联合国贸发会议《2005世界投资报告》统计，2004年有102个国家／地区出台了271项与外资相关的政策，其中87％的政策调整是有利于外商投资的，另有20个国家／地区为鼓励投资而降低了企业所得税率，其中包括日本、法国、芬兰、丹麦、瑞士等发达国家，也包括新加坡、墨西哥、乌拉圭、保加利亚、捷克等发展中国家和转轨国家。在这种情况下，中国不宜急于实施两税合一，以免错过机遇，反而让与中国存在竞争关系的国家借此机会发展起来。
合并
无论是为了避免扭曲市场、缓解宏观经济失衡，还是为了提高对外经贸的质量和水平（商务部长薄熙来曾经说过，我们对外资也要挑肥拣瘦了），两税合一都已经势在必行。即使单纯对商务主管部门而言，维持内外资所得税不统一也有日益成为政治包袱之势。如果在此问题上对商务主管部门形成了遍及全社会的负面形象，那么，在对外经贸谈判中能够获得的信任和授权很可能会受到影响。过分地拖延这一问题，将不可避免地使之日益政治化，妨碍冷静、平稳地安排这项转变。我们需要积极主动地推进两税合一，避免这项议题政治化；在两税合一进程中，我们也需要稳妥安排，将由此而产生的震荡最小化。为此，可以采取以下措施：
第一，在调整税率之前先统一应纳税所得额计算方式。应纳税所得额＝收入总额-税前扣除项目金额，在收入总额计算方面，根据《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》（1991年发布）第十八条，外资企业在中国境内投资于其他企业获得的利润（股息）可以不计入本企业应纳税所得额；而《中华人民共和国企业所得税暂行条例》第五条则规定，（内资企业）纳税人的收入总额包括股息收入。在税前扣除项目计算方面，无论是坏账准备、利息支出、业务招待费、企业职工工资支出和福利支出、捐赠支出的列支规定等方面，目前对外资企业的规定和标准都宽于内资企业。如对于公益性、救济性捐赠支出，内资企业不得超过年应纳税所得额的3％，而外资企业的这部分支出则没有限制，允许全部在税前扣除。再如在业务招待费开支上，内资企业不分行业，一律按销售（营业）收入的一定比例在税前扣除；而外资企业则是分行业，依据销售收入和营业收入，按不同比例计算在税前扣除。
固定资产和员工工资是大多数企业最大的支出项目。在企业职工工资支出列支方面，中国对内资企业实行了令人诟病的“计税工资”概念，即内资企业实际支付工资超过计税工资的部分不能算作成本在税前扣除，而要视为企业收入缴纳企业所得税，导致内资企业实际负担的员工工资高于员工获得的工资；对外资企业员工工资则在税前据实抵扣。固定资产是企业最大的成本投入，越是资金、技术密集程度高的行业，固定资产投入越大，应纳税所得额受资产税务处理方法的影响越大。现行税制对内外资企业固定资产的折旧年限、固定资产净残值率规定都不同。关于固定资产的折旧年限，内资企业由行业财务制度规定，外资企业则由税法规定。关于固定资产残值比例，内资企业为原值的5％以内，外资企业则为不低于原值的10％。
在统一应纳税所得额计算方式方面，财政部和国税总局《关于调整企业所得税工资支出税前扣除政策的通知》将内资企业所得说扣除工资标准从800元提高到了1600元，今年下半年内资企业为此可以减少税负120亿元，已经迈出了第一步，但需要进一步完善，彻底废除“计税工资”概念。
第二，实行“宽税基、低税率”政策，在较低的税率上统一内外资企业所得税，合适的统一税率应在20％-25％之间。
第三，将外资优惠转为产业、区域优惠，即对符合国家产业政策和区域发展政策的企业，不分内资、外资，给予统一的优惠。这种做法可以将减轻企业所得税并轨与提升产业结构结合起来。
第四，简化税制，降低税制的奉行成本。为此，一方面要减少特殊税收优惠政策，简化税率，另一方面要简化企业申报缴纳企业所得税的程序。根据现行企业所得税法，经批准的母子公司体制的内资企业集团可以汇总申报缴纳企业所得税，不少在华投资的跨国公司希望在新企业所得税法下可以同样享受汇总申报缴纳企业所得税的政策。这一期望完全合理，应当得到支持。但如果合并缴纳，可能涉及地方政府的税收分享问题，因为目前实行属地征税原则，合并后总部所在地政府将独享企业所得税，这显然对于大企业、跨国公司总部集中的大城市和东部地区有利，对小城市和中西部地区不利，形成“劫贫济富”的区域转移支付机制，加剧区域发展失衡。为此，需要制定配套措施，让不同地区合理分享合并缴纳的税收。
两税合一之争暴露出了中国优惠政策立法中存在的一个问题，即优惠政策基本上都没有有效期限规定，这样一来降低了中国政策环境的可预期性，也容易激化政策调整中的争议。为此，可以考虑日后在制订优惠政策时都同时规定相应的实施年限，期满后决定延长或结束。
