目前，我国在自主创新方面已经形成了较为浓厚的舆论氛围，但是，笔者通过对部分地区的调研和实地考察，感到国家在推进自主创新方面还存在一些不容忽视的问题，特别是自主创新的政策体系和良好的社会环境远未建立起来，一些配套的税收体系还有改善的必要。
我国现行税收政策对企业自主创新的扶持力度不够。以安徽芜湖市奇瑞汽车为例，该公司是我国汽车行业中为数不多的具有较强自主创新能力的中资企业。去年该企业所得税税率为33%，而外资企业和高新技术开发区内的高新企业只有15%，且头两年免征所得税；职工工资受每月960元/人的扣税工资限制，广告费和业务宣传费不得超过应税收入的2%和0.5%，而外资企业都可以据实列支；坏账准备金仅允许提取0.5%，而外资企业为3%；此外，外资企业还可享受再投资部分退还已缴纳所得税40%的优惠政策。粗略计算，奇瑞公司综合税负为12.2%，高出同行业4.2个百分点，造成平均每辆车成本高于外资企业5000元以上。
改革生产型增值税制解决税负不公问题
我国现行生产型增值税只允许企业抵扣原材料进项税金，不允许抵扣固定资产所含进项税金，重复征税使企业不愿更多地购买设备开展自主创新。企业研发活动投入巨大，但原材料消耗很少，增值税进项抵扣相应较少，增加了企业科研投入的负担。再加上科研人员的人力成本核算较为困难，导致高科技企业税负较重，直接影响企业创新的积极性。
同时，还需尽快解决税负不公问题。一是内外资企业税负不公。在加入WTO几年后，外资企业仍然实行所得税“两免三减半”等一系列税收优惠政策，享受所谓“超国民待遇”，这对内资企业极为不公平。二是不同园区以及区内与区外企业税负不公。各类开发区、科技园区内的高科技企业可以享受的一些优惠政策，在区外同样性质的企业却享受不到，造成部分企业在区内注册、区外生产经营的不正常现象。另外，由于分属不同管理部门而形成的不同园区，其间税负也不一样。例如，高科技园区内的高新企业可以享受的某些优惠政策，经济开发区内同类企业却不可以享有。这些人为的做法造成税负环境的不平等，有悖于公平竞争的原则。
纠正部分税收政策导向的偏差
目前，我国对高科技企业的税收优惠政策主要集中在所得税方面，而在全国以流转税为主的税收格局中，所得税优惠作用有限。减免税涉及的税种多为地方税，总量不大，减让空间有限，容易受到地方利益的影响，落实上有一定难度。税收优惠主要集中在技术成果的应用领域，对企业最需要支持、也是处境最为困难的技术开发过程缺乏有力支持。大部分高科技企业在创业初期基本上没有利润，享受不到所得税减免，待几年后科技创新成果的产业化实现了经济效益、产生了利润时，又过了税收优惠期，结果造成实际上根本没有享受。税收政策重实物（产品）而轻技术，对技术转让特别是向国外进行技术转让和专利出口没有优惠政策，不利于企业技术成果的推广。此外，企业在购买外国高新技术和设备时享有税收减免待遇，但在采购国内高新技术和设备时反而没有，严重影响了企业购买国产高新技术和设备的积极性，减少了市场对国产高新技术和设备的需求。
规范税收优惠政策
我国为扶持科技产业发展出台了的很多税收优惠政策，但主要是通过各个分散的部门规章或者效率更低的规范性文件颁布的，透明度低，缺乏统一考虑和统筹协调，没有形成长期稳定的扶持机制，这是造成很多税收政策不公平、不合理的重要原因。例如，随着国家经贸委的撤销，过去对企业开发新产品（包括新设计、新工艺、新类型等）给予的减免税政策现在也没有了，企业开发新产品缺乏动力。
另一方面，税收优惠政策政出多门，没有一个总的政策作指导，相互之间缺乏协调配合，存在一定矛盾和制约，抵消了部分政策效应。此外，优惠政策的执行往往伴随着较为复杂、苛刻的前提条件，造成很多企业实际上无法享受。例如，研发费用加计扣除的政策规定，企业当年研发费用可以按照实际发生额的150%直接抵扣当年应纳税所得额，但条件是企业必须盈利，且研发费用比上年增长10%，还要经税务主管机关审核批准，不但程序繁琐，而且不符合研发投入的客观规律。所以，要尽快改变上述不合理的税收政策，为企业创造一个良好的、公平的税收环境。
完善资金投入机制
近年来，我国的研究开发经费（R&D）占国内生产总值的比重是下降的，2004年是1.44%，仅为美国的1/20和日本的1/7.美国联邦政府的研发投入中支持企业的占37%（绝大部分是军工），而我国目前为10%左右。根据国际通行标准，研发投入占销售收入的比重为1%的企业是难以生存的，2%的企业可以简单维持，只有达到5%的企业才有竞争力。
自主创新需要国家和地方各级财政加大投入。目前，国家科技部每年掌握的全国科技费用仅50亿元，其中“863计划”30亿元，“973计划”20亿元，涉及十多个大领域。国家发改委高新技术产业司每年掌握的专项资金也只有8亿~10亿元。尽管财政资金只能起到四两拨千斤的作用，但目前的投入总量太小，需从各级财政上进一步加大支持的力度。
鉴于企业创新活动具有投入大、周期长、风险高、抵押担保困难等特殊性，其资金来源必须以企业为主体，同时需要大量社会资金的投入。社会资金对自主创新的投入，需要有完善的机制做保证。发达国家普遍采取建立创业风险投资机制的方式，从实践来看效果很好，发挥了重要作用。
从我国情况看，风险投资基金没有建立，股市长期低迷，“创业板（二板市场）”迟迟未能推出，风险资本的退出机制缺失，创业风险投资机制远未形成，制约了我国企业自主创新活动的开展。必须尽快扭转这一局面，抓紧建立健全相应的法律框架及规章制度，完善《创业投资企业管理暂行办法》，为风险投资创造一个良好环境，引导更多的民间资本和外资积极参与，促进有中国特色的多层次、多渠道、多形式的风险投资体系的形成。
