税务行政复议制度为保障纳税人的合法权益、限制税务机关滥用行政权力提供了简便快捷的权利救济途径，并且税务行政复议是税务机关的内部约束机制，因而还具有一定的准司法性质，这使它成为解决税务争议的重要渠道。但是在当前的税务行政复议实践中，还存在着若干不可忽视的问题。
一、税务行政复议范围
我国目前的行政诉讼和行政复议制度主要针对的是具体行政行为，基本上排除了行政机关和司法机关对立法性的抽象行政行为的审查，也就是说无论行政机关还是法院都无权对规范性法律文件的合宪性和合法性加以审查，只有在极为特殊的情况下，行政机关才对某些抽象行政行为具有有限的审查权。《行政复议法》第七条规定：“公民、法人或者其他组织认为行政机关的具体行政行为所依据的下列规定不合法，可以一并向行政复议机关提出对该规定的审查请求……前款所列规定不含国务院部、委员会规章和地方人民政府规章。规章的审查依照法律、行政法规办理。”《税务行政复议规则》沿袭了《行政复议法》的规定，如第九条规定：“纳税人及其他当事人认为税务机关的具体行政行为所依据的下列规定不合法，在对具体行政行为申请行政复议时，可以一并向复议机关提出对该规定的审查申请：（一）国家税务总局和国务院其他部门的规定：（二）其他各级税务机关的规定；（三）地方各级人民政府的规定；（四）地方人民政府工作部门的规定。前款中的规定不合规章。”
该条款显然存在三方面限制：一是向税务复议机关提出对有关规定的审查申请，是以对具体行政行为的复议申请为前提的，如果不是在对具体行政行为申请行政复议时，就不能向税务复议机关提出对抽象行政行为的审查申请，此即附带性审查；同时向税务复议机关提起对抽象行政行为的审查申请，应当认为是抽象行政行为不合法，而非不适当。二是并不是所有的抽象行政行为都可以申请审查，只有对“规定”即规章以下的规范性文件和其他文件才可以申请审查，这大大缩小了刘抽象行政行为的审查范围。三是税收规章与规定的界限不是很明确。在目前税收立法还不规范的情况下，许多时候很难区分制定的规范性文件是规章还是规定。规章与规定的界限不太明确，导致在税务行政复议实践中对规定申请审查缺少可操作的标准，从而影响税务行政复议制度功能的发挥。
二、税务行政复议管辖
我国目前原则上实行税务行政复议的垂直管辖制度，税务行政复议实行垂直督促虽然有利于克服地方保护主义，解决行政复议对专业性和技术性要求较高等问题，但同时由于税务复议机关和作出具体税务行政行为的税务机关的隶属性，使得税务复议机关在裁决争议时难免缺乏复议公正的形式要件，这种“自己做自己法官”的模式即使结果公正，也难让当事人心服口服。
税务行政复议作为一种层级内部监督制度和税务机关自我纠错制度，应充分体现公正、公开原则，在机构设置、人员组成方面特别注意它的超脱性。从比较法的角度来看，世界上大多数国家在设立税务复议机构时，都注意到了提升税务复议机构独立的必要性。例如美国的税务行政复议机关是上诉部（The Appeal Office），隶属于美国财政部立法局首席咨询部，是一个完全独立于国内收入局的行政机构。又如，在日本税务复议机关的设置上，其在国税厅设立了相对独立的国税不服审判所，统一负责有关国内税的复议请求。没有相对独立性的税务行政复议机构，既违反了最基本的自然正义原则，又不利于公正地进行行政复议，也不利于充分发挥税务行政复议所应有的职能。
三、税务行政复议申请
根据《税务行政复议规则》规定，我国税务行政复议制度在某些申请程序上采用了税务行政复议纳税义务前置规则。例如《税务行政复议规则》第十四条规定：“纳税人、扣缴义务人及纳税担保人对本规则第八条第（一）项和第（六）项第1、2、3目行为不服的，应当先向复议机关申请行政复议，对行政复议决定不服，可以再向人民法院提起行政诉讼。申请人按前款规定申请行政复议的，必须先依照税务机关根据法律、行政法规确定的税额、期限，缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保，方可在实际缴清税款和滞纳金后或者所提供的担保得到作出具体行政行为的税务机关确认之日起60日内提出行政复议申请。”基于上述规定，如果纳税人无法或不足以支付全部有争议的税款，又不能提供相应的担保，那他就不具备提起税务行政复议（进而税务行政诉讼）的资格。
尽管增加纳税担保的内容后，税务复议的条件已经有所缓和，但迄今为止，这仍然是一个有缺陷的条款。如果当事人直接申请复议，按照现行的税务争讼程序，从复议到诉讼，从一审到二审，至少要经历半年以上的时间，在这段时期内，税款可能面临各种各样的风险。对国家利益或税收秩序可能会构成损害，同时也会增加税收管理的难度。实际上，按照《行政复议法》第二十一条的规定，在行政复议期间，原则上也不停止具体行政行为的执行。按照《行政诉讼法》第四十四条的规定，在行政诉讼期间，原则上也不停止具体行政行为的执行。如果出现停止执行的情形，一般也是行政机关或法院认为有必要，或法律法规有直接的要求，这足以说明税款的安全与申请复议之间没有必然联系。如果当事人没有缴纳税款和滞纳金，即便其已经申请行政复议，或进入行政诉讼程序，仍然应当按照税务机关的决定缴入国库。在一个民主宪政国家，立法活动必须受制于宪法的原则和精神，如果法律违反了宪法的规定，同样也应该归于无效。而就税务行政复议的前置条件而言，尽管增加纳税担保以后，相关的后果有所减轻，但是无力缴纳税款及滞纳金的当事人，有时也无力提供担保。因此，税务复议前置条件的规定，使当事人无法与税务机关进行抗辩，从而剥夺了当事人请求救济的权利，同时也使其财产权无法得到合理的保护。
