2007年8月1日，财政部、国家税务总局发布了国税发[2007]94号文件，规定自2007年1月1日起，对机关服务中心为机关内部提供的后勤保障服务所取得的收入，恢复征收营业税、城市维护建设税、教育费附加和企业所得税。自此，自1999年以来几经反复针对机关服务中心的税收优惠政策正式取消。今后，各地机关服务中心不但不能享受相关税收优惠，而且很有可能面临税务机关的全面清查。自1999年以来，国家为促进国务院各部门机关后勤体制的改革，陆续出台了一系列对机关服务中心的税收优惠政策，这些政策主要有：
一、1999年10月22日，为了促进国务院各部门机关后勤体制的改革，财政部、国家税务总局颁布了《财政部 国家税务总局关于国务院各部门机关服务中心有关税收政策问题的通知》（ 财税字[1999]43号）
该文件规定，自1999年10月22日起至2003年底，对机关服务中心为机关内部提供的后勤保障服务所取得的收入，暂免征收营业税、城市维护建设税、教育费附加、企业所得税；同时对于机关服务中心以安分流人员为主开办的经济实体从事经营、服务活动，也可享受国家统一规定的有关税收优惠政策。但对机关服务中心为机关以外提供服务取得的收入，应依照国家统一规定纳税。
二、2000年，国税发[2000]153号对此政策又做出进一步的明确规定：
（一）对享受税收优惠政策的机关服务中心范围进行了明确，即：经中央机构编制委员会办公室批准，后勤体制改革后的国务院各部委、各直属机构的机关服务中心。并要求机关服务中心必须实行独立经济核算并具有事业法人或企业法人资格，按法规办理税务登记。
（二）对于机关服务中心的范围进行了解释，即机关服务中心应为机关办公和职工生活提供后勤服务的非独立核算机关服务单位，包括：机关食堂、车队、医务室、幼儿园、理发室、洗衣房、洗浴室、副食品基地（绿化基地）等；机关内部后勤保障服务是指：上述机关服务中心为国家财政金额拨付行政办公经费的国务院各部委、各直属机构机关工作需要而提供的各类劳务与技术性服务。
（三）机关服务中心应分别核算为机关内部提供的后勤保障服务所取得的收入和为机关以外提供服务取得的收入。不能分别核算免税收入和应税收入的单位，不能享受税收优惠政策。
（四）机关服务中心所属的，国务院机关事务管理局行业归口管理的宾馆招待所，由国务院机关事务管理局核准的会议经费，在2003年年底之前暂免征收营业税、城市维护建设税、教育费附加。
（五）机关服务中心以安置分流人员为主开办的经济实体从事经营、服务活动，可比照《财政部 国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（[94]财税字第001号）的有关法规，享受国家统一法规的有关税收优惠政策。
三、2001年7月，财税[2001]122号文件《财政部 国家税务总局关于中央各部门机关服务中心有关税收政策问题的通知》将该项优惠政策延长至2005年年底：对机关服务中心为机关内部提供的后勤保障服务所取得的收入，在2005年12月31日之前暂免征收营业税、城市维护建设税、教育费附加、企业所得税；机关服务中心以安置分流人员为主开办的经济实体从事经营、服务活动，可享受国家统一法规的有关税收优惠政策；同时扩充了该文件的执行范围，即全国人大常委会和全国政协常委会所属机构、中央党校、全国总工会、共青团中央、全国妇联、全国台联、中国记协以及地方省级党委、人大、政协等机关后勤体制改革后可比照执行。
四、在随后的2004年又发布了《财政部 国家税务总局关于延长国务院各部门机关服务中心有关税收政策执行期限的通知》（财税[2004]42号）：“对机关服务中心有关营业税、城市维护建设税、教育费附加、企业所得税等税收征免政策，继续按照财税字[1999]43号文件的有关规定执行，执行期限为2004年1月1日至2005年12月31日。”
五、2006年，为继续支持中央和国务院各部门机关后勤管理体制改革工作的顺利进行，《财政部 国家税务总局关于延长中央和国务院各部门机关服务中心有关税收政策执行期限的通知》（财税[2006]109号）对该政策延长执行期限至2006年底，具体内容为：“对机关服务中心为机关内部提供的后勤保障服务所取得的收入，在2006年年底之前暂免征收企业所得税、营业税、城市维护建设税和教育费附加；对机关服务中心为机关以外提供服务取得的收入，应依照国家统一规定征税；机关服务中心以安置分流人员为主开办的经济实体从事经营、服务活动，可享受国家统一规定的有关税收优惠政策；全国人大常委会和全国政协所属机构、中央党校、全国总工会、共青团中央、全国妇联、全国台联、中国记协以及地方省级党委、人大、政府、政协等机关后勤体制改革后，可比照上述规定执行。”
举例说明：某省委的文印室，在后勤体制改革后，从机关办公室进入机关服务中心，并实行独立核算，其职责主要是为省委服务，同时对外提供复印、打印资料服务。2000年11月份为省委服务收取服务费20000元，对外复印、打印取得收入6000元。
则该文印室应作如下税务处理：
1、根据财税字[1999]43号文件精神，该文印室为国家机关内部服务取得的20000元收入应免征营业税。
免征营业税：20000×5%＝1000（元）
免征城建税：1000×7%＝70（元）
免征教育费附加：1000×3%＝30（元）
2、该文印室开展对外复印、打印资料业务所取得的6000元收入，应缴纳营业税。
应缴营业税为：6000×5%＝300（元）
应缴城建税为：300×7%＝21（元）
应缴教育费附加为：300×3%6＝9（元）
该文印室应缴纳营业税300元、城建税21元、教育费附加9元。同时享受免征营业税1000元、城建税70元、教育费附加30元的照顾。
风险提示：此次恢复征税的政策出台，各地税务机关有可能组织对该类企业进行清理检查，提醒各机关服务中心对照上述文件有关规定进行相应年度的自查，尤其注意应税收入与免税收入的分开核算。
税务机关清查范围：
1、曾享受税收优惠的机关服务中心：在税务机关依法办理税务登记，经中央机构编制委员会办公室批准，后勤体制改革后的国务院各部委、各直属机构的机关服务中心。
2、机关服务中心具体范围：机关办公和职工生活提供后勤服务的非独立核算机关服务单位，包括：机关食堂、车队、医务室、幼儿园、理发室、洗衣房、洗浴室、副食品基地（绿化基地）等。
