当前，大批企业开始进军农村市场，特别是商业部“万村千乡工程”的实施，取得了显著成效。但是，一些开发农村消费市场的企业认为，尽管国家对启动农村消费很重视，但在基层，开拓市场的环境很不宽松，最为突出的各项税费负担加重，国家一些扶持政策在地方也有待落实，影响了企业开拓市场的积极性。
记者在山东省莱州市调查发现，原有的农村小商店需要缴纳的税收很少，而新的商业场所建立后，税费普遍提高，包括增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加费，房产税、车船税、印花税等等。河南省邓州市很多业户反映，以前开个小卖店的时候，每年的工商管理费也就一二百元。改成连锁超市以后，要钱的部门多了，负担也重了。卫生部门的检疫费、工商部门的管理费，都是以前的好几倍。
新的农村商业场所的建立，普遍规范化和标准化，设施档次提高，提升了农民的消费水平，但相应的一些运营成本也提高了。调查显示，由于农村经济还处于较低水平，农民消费能力有限，新的商业场所建立后，本身利润就有限，成本稍微增加，就让他们不堪重负。邓州市张村镇上营村廉价超市店主黄建洋说，每年的工商管理费800元、地方税1000多元、国税800元，办一个卫生许可证260元，全年需各种税费3000多元，可是这个店全年营业额仅有四五万元，利润不到一万元，店里赚不了多少钱。
另外，由于一般的农家小店电费是农电，而新建的店是商业用电费用，电费负担也比较沉重。河南邓州构林镇魏集村日化用口批零商魏俊俭介绍说，我们用电主要是照明，不是用来加工，但电价却是村民生活用电的一倍。他的店年营业额在两万多元，利润很微薄。
杭州华辰超市有限公司经济师余传明说，搞好万村千乡工程，关键是要建设配送中心，没有配送中心，食品安全就是一句空话。但建设配送中心需要大量的前期投入，很多企业没有能力建设。他以华辰为例说，建设仓库购买50亩土地需要一千万元，加上厂房建设、购买车辆等费用，需要较多的前期投入，现在商务部对企业建立针对农村市场的配送中心给予一定的贷款贴息，但支持力度不足，导致很多企业无力建设配送中心。政府有关部门应重视针对农村市场的配送中心建设，可由商务部提供担保贷款，由地方政府监管贷款投放和使用，支持企业建设和改扩建配送中心。
四川省什邡市一些开拓农村市场的企业说，商业部在万村千乡工程中，对建设物流配送中心的企业有贷款贴息政策，地方也有配套资金，但按规定报上去了，却一直落实不了。同时3%的贴息贷款也太少。而如果自己向银行贷款，则需要抵押贷款，一般企业在物流配送中心建设过程中，土地已抵押，流动资金无法再抵。
