从2008年下半年开始的国家税务总局机构改革工作已经完成。这次机构改革坚持以科学发展观为统领，通过结构调整来优化组织结构，促进机关职能向服务型、责任型、法治型、廉洁型转变，管理机制向科学化、专业化、精细化转变，逐步建立既能体现国际先进管理理念，又符合我国国情的税务机关内设机构。
据悉，这次总局机构改革新组建的司是：货物和劳务司是总局主管增值税、消费税、营业税、车船购置税、进出口税收和文化事业建设等政策和征收管理的职能部门；纳税服务司是总局主管纳税服务工作的综合职能部门；征管和科技发展司是总局主管税收征收管理和税收管理信息化建设的综合职能部门；大企业税收管理司是总局主管大企业司税收管理和服务的职能部门；督察内审司是总局主管税收执法监督检查、内部财务审计和领导干部经济责任审计的职能部门。这次改革还将所得税管理司更名为所得税司，地方税务司更名为财产与行为税司，计划统计司更名为收入规划核算司。
改革后，总局机关内设机构有：办公厅、政策法规司、货物和劳务税司、所得税司、财产和行为税司、国际税务司、收入规划核算司、纳税服务司、征管和科技发展司、大企业税收管理司、稽查局、财务管理司、督察内审司、人事司以及机关党委和离退休干部办公室，总局机关人员编制不变。
另据了解，国家税务局系统省局、副省级市局机构改革将于2009年1月20日前结束，市局、县局机构改革于4月30日前结束。
总局机构改革后，原由总局注税管理中心负责的税务师事务所审批工作，总局决定下放至省级税务机关办理。
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