为加强国家税务局系统预算单位的财务管理，准确编制国税系统部门预算，根据有关规定和国税系统的实际情况，国家税务总局于近期制定了《国家税务局系统预算单位设立、撤销、变更调整管理暂行办法》（国税发[2011]41号）。
办法要求，各省、自治区、直辖市、计划单列市国家税务局应在每年3月31日前，向税务总局提出设立、撤销和变更预算单位申请，税务总局审核后报财政部审批，从下一年度起纳入国税系统部门预算管理，相应修改预算单位的相关信息。
根据《国家税务总局关于进一步规范国家税务局系统机构设置明确职责分工的意见》（国税发[2004]125号）和批准的机构设置方案，国税系统预算单位设立条件是：（一） 行政单位中，经税务总局批准成立的各级全职能国税局为预算单位，各级国税局的内设机构不得作为预算单位。（二）事业单位中，经税务总局批准成立的税务干部学校为预算单位，各级国税机关内设的信息中心、采购中心、机关服务中心、注册税务师管理中心、税务学会等机构、团体原则上不得作为预算单位。（三）直属机构中，与省国税局、省会城市国税局所属异址办公且距离较远的机构作为预算单位，在同址办公的直属机构不得作为预算单位。
申请增加预算单位必须提供：省国税局申请增加预算单位的文件；税务总局人事部门批准成立文件的复印件；国家统一标准代码的复印件及其他相关资料。
预算单位因机构撤销、合并后原单位不再保留，或单位管理职能发生变化，对已设立的预算单位应相应撤销。预算单位撤销应符合以下条件：上级部门已批准单位撤销；拟撤销预算单位的资产已全部划转。对拟撤销的预算单位，省国税局应在每年3月31日前向税务总局提出撤销申请，税务总局按规定将国税系统预算单位撤销情况报财政部审核后，部门预算管理软件中相应删除原预算单位的相关信息，从下一年度起不再纳入部门预算管理。撤销预算单位后，原单位的结转、结余资金情况表由接收单位负责编制和上报。
按部门预算管理规定，预算单位的相关信息发生变更后，应在部门预算软件中作相应修改。对预算单位的变更信息，省国税局应在每年3月31日前向税务总局提出，按财政部规定和要求，预算单位和项目清理情况一同报财政部，财政部审核后在部门预算软件中作相应修改。
预算单位设立和撤销后，相应设立或撤销零余额账户。各级国税局内设的培训中心、招待所原则上不得作为预算单位，不得开设零余额账户。
