中国物流与采购联合会3月21日发布的调查报告显示，试点2个月以来，物流企业特别是运输型物流企业普遍反映税负大幅增加。
调查报告统计显示，2012年1月份，67%的试点企业实际缴纳增值税有一定程度的增加，平均增加税负5万元。换算成营业税体制，57%的企业税负增加超过5万元，24%的企业税负增加超过10万元，个别大型物流企业集团税负增加超过100万元。
对此，中国物流与采购联合会副会长贺登才3月21日表示，“如果能采用最低档的税率，这就很好了。”
根据试点方案，上海交通运输业采用11%的增值税税率，代替了过去营业税3%的税率；而仓储、配送和货运代理则采用6%的增值税税率，代替过去营业税5%的税率。
运输型物流企业认为，由于企业实际可抵扣项目较少，11%的增值税税率导致交通运输业的税负不减反增；相对而言，实行6%增值税税率的仓储、配送和货运代理行业在改革后税负相对稳定。
今年全国两会期间，上海市委书记俞正声就曾公开表示，改革试点后，运输业和金融租赁业两个行业的税赋是加重的，要在相关行业探索加大进项抵扣范围等创新办法，“比如运输企业，汽油能不能开增值税发票，作为增值税抵扣的内容；运输企业的过路费，能不能进入进项抵扣的范围，这需要企业和政府共同研究”。
中国物流与采购联合会建议，将“货物运输服务”从“交通运输服务”中剥离，纳入“物流辅助服务”，采用6%的增值税税率。
另一个建议是，增加增值税进项税抵扣项目。比如过路过桥费、保险费，以及房屋租金等。对存量资产（非不动产）采取过渡性抵扣政策，允许物流企业现有的运输工具及设备依据一定比例纳入进项税额抵扣。
目前，只允许对企业上一年购买的设备等进行抵扣，此前几年的则不行。
物流行业人士指出，上述两个建议，都可以使得物流运输业的税负回到税改前水平。其中，使用较低档税率要简单些。而后一项增加进项税抵扣项目，操作起来难度稍大。
中国物流与采购联合会建议，营业税改增值税的改革进一步推广时，最好按行业推开，而不是按地区推进，以避免引发地区间的不平衡。
据悉，目前继上海后，江苏、浙江、安徽等地已经提出了类似上海的物流业税改方案。中国物流与采购联合会认为，像物流业这样全国网络化经营的行业，不宜因试点政策的不同，造成新的地区分割。
