据财政部的最新数据来看，2012年前三季度地方政府的税收收入大幅回落，但其非税收收入却呈现着不降反升的发展趋势。根据近10个省份披露财政收入数据显示，各地非税收入增长大举提速，远超税收增速。今年前三季度，天津、安徽、广东、江苏非税收入增幅比税收增幅分别高出43.89%、36.8%、17.74%、9.6%.其中，罚没收入成为非税收入的重要组成部分。据初步统计，2012年1至9月，广西税收收入同比仅增长10.1%，而罚没收入同比增收5.96亿元，增长27.2%；重庆市今年前三季度税收收入完成707.4亿元，同比增幅仅为4.5%；其中罚没收入累计约20.7亿元，同比增幅为31.5%.与此同时，今年上半年，辽宁省丹东地区因打假风波导致的商户闭市事件，也从侧面反映出了当前地方政府收入单一局面下，加大对中小企业非税收收入的征收成为其财政收入的重要来源。在2008年金融危机与欧债危机连番冲击中小企业的背景下，各类税收负担再一次成为压在中小企业的一座大山。
自改革开放以来，中小企业为国民经济的发展与政府的财政收入作出了巨大的贡献。先前经济的良好发展使得中小企业的税收问题不是非常凸显。但在近年来经济增速放缓的情况下，中小企业已经面临着融资难、订单减少、出口受阻等一系列经营困境。此时，税收负担沉重的问题在中小企业身上暴露无疑。其实，在几年前中央政府就明令禁止，对中小企业的乱收费、乱收税行为，但我国中小企业仍然处于税费项目多、税费负担重的税制环境下。从税收项目上看，我国中小企业所要涉及的税种包括企业所得税、增值税、营业税、土地使用税、房产税、城建税等。从税收负担上看，中小企业税收占销售收入的负担率为6.81%，高于全国各类企业6.65%的平均水平；税收占资产总额的负担率为4.9%，高于全国1.91%的平均水平；税收占利润的119.6%，高于全国99.9%的平均水平。另一方面，国家也相继出台了一些政策与举措来缓解中小企业的税收负担，但效果不是很明显。首先，这些税收优惠政策仅仅局限于降低税率和起征点两种手段，形式比较单一。同时，优惠力度小、优惠条件高，使得这些优惠政策很难达到扶持中小企业的效果。例如，我国新企业所得税法中规定：对于小型微利企业按20%的优惠税率征税，但20%的优惠税率高于两税合并前的税率18%，反而提高了小型微利企业的税负。新的企业所得税法也对这条税收优惠设定了三个限制条件，即从业人数、资产总额和应纳税所得额必须达到规定的条件，这就使得大多数中小企业享受不到这项优惠政策。
反观国外对中小企业的税收支持，主要体现在以下几个方面。
税率优惠方面：1999年，英国政府把中小企业的公司所得税税率从原来的30%削减为20%.2000年，又将中小企业利润的纳税起征点由原来的4万英镑提高到5万英镑，税率则再次下调至10%.
税收优惠方式方面具有税收抵免方式、折旧优惠方式等多种形式。在税收抵免方式上，加拿大政府规定，本国企业的科学研究和技术开发支出（包括经常性支出和资本性支出，但不包括建筑物支出）的20%可享受税收优惠，抵免应缴税款，未用完的税额可延长到前三年或后七年。在折旧优惠方式上，德国政府规定，对所有净资产少于24万德国马克，注册资本不超过50万马克的企业进行动产投资的，给予20%的附加折旧。
目前，国内中小企业的税收主要是由营业税、增值税以及所得税所组成，而增值税与所得税所占的比重达到中小企业税收负担的一半以上。对此，要破解中小企业的税负难题，需从这两方面入手。
企业增值税方面：一方面，进一步降低小规模纳税人的征收率。现行增值税对小规模纳税人的征收率统一规定为3%.建议采用旧增值税法区分小规模纳税人为商业企业小规模纳税人和工业企业小规模纳税人，分别规定其征收率。由于工业企业的利润率较高，对其现行的征收率维持不变，依然为3%.对于商业企业小规模纳税人，应进一步降低其征收率，为2%或1%.另一方面，提高小规模纳税人的起征点。我国现行增值税的起征点明显偏低，虽然新增值税法提高了小规模纳税人的起征点，但相对于我国经济发展水平、通货膨胀指数、居民消费水平等因素，新增值税法提高增值税起征点的幅度还不够，还起不到扶持小规模纳税人的作用。鉴于我国幅员辽阔，地区经济发展水平相差悬殊，应根据我国不同地区的具体情况制定出相应的起征点。
企业所得税方面：首先，要制定企业所得税的起征点。我国对于利润较低的企业没有规定起征点。大多数利润较低的企业都是处在企业的初创和发展期，需要国家给予税收政策上的大力支持。制定相关的所得税起征点，无疑是对处于初创和发展期的中小企业雪中送炭。其次，对于新成立的中小企业，我国税法应给予相应的税收优惠。最后，延长中小企业的纳税期限。延长中小企业纳税期限就是变相的给予了其一笔短期的无息贷款。
同时，加大对中小企业创新活动的税收优惠也是破解企业税负难题的重要一环。第一，进一步提高中小企业研发费用的加计扣除比例，减少中小企业的研发成本，降低创新风险。第二，强化对中小企业引进科技型人才的税收优惠，在个人所得税方面提高中小企业科技人才的所得税的免征额，吸引大量的科技型人才来到中小企业进行自主创新活动。第三，为促进创新人才的培养，允许中小企业按高于一般企业的比例提取职工教育培训经费，从而增强中小企业对人才的吸引力和提高职工素质，有利于中小企业创新活动的进行。第四，对在研发过程中用于研发实验的投资，应允许从应税所得额中作为费用扣除；对研发后的成果收益，应予以税收的减免，从而鼓励中小企业进行科技转化、使用科技成果，提升中小企业产品的科技含量。
