有研究机构曾做过测算，农民工市民化成本约为8万元/人左右，以2.5亿农民工为基数计算，总成本将达20余万亿元。分解到20年，则每年所需资金为1万亿元，约占2010年10.89万亿元财政收入的10%左右。对此，有专家指出，在城镇化资金来源问题上，关键是要明确中央、地方、企业和农民工各自的责任，建立合理的成本分担机制。
在中央层面，应加大对农民工公共卫生、子女义务教育、就业扶持以及住房保障等方面的支出补助力度，并且应更多地以常住人口而不是户籍人口作为财政分成和转移支付依据，健全中央财政对农民工集中地区稳定、长效的转移支付制度。
在地方层面，在经济增速放缓和房地产调控之下，今年基层财政出现困难、隐形负债有所增加、土地财政难以为继，解决资金难题迫在眉睫。财政部财科所所长贾康认为，目前地方税体系不成型，地方政府很难从中取得大比例的收入支撑。下一步大力推进工业化、城镇化建设，必然要扩大城区建设，因此需要建立地方主体税种，破解土地财政依赖，实现城镇化的可持续推进。
倪鹏飞指出，应加快财税体制改革，提高地方尤其是县级政府财力，尽快开征房地产税、土地税、资源税、环境税，并以此为基础健全城市税体系，解决城市建设资金过度依赖“土地财政”问题，推动城市群融合和中小城镇发展。
此外，由于城市基础设施建设资金需求规模大，回报周期长，因此，要发展长期融资的金融工具，如长期信贷、基金投资、长期债券、资产证券化等，实现基础设施建设供需现金流的匹配。
姜长云认为，还应鼓励社会资本的参与，未来城镇化的发展可以借鉴国外城镇化发展进程中建立的公私合作伙伴关系。公共部门和私营部门之间进行合作，合作伙伴双方提供资源、投入能力，分享收益、分担风险。
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