玛纳斯县在实施新型农牧区合作医疗制度以来，作为财政管理部门不断加强了对合作医疗基金的筹集管理，确保了各级财政补助资金落实到位。在工作中，能严格执行合作医疗基金管理办法和基金财务核算制度，实行收支两条线管理。按照规定筹集、管理、使用合作医疗基金，做到合作医疗基金专户储存、专账管理、专款专用、封闭运行，确保基金安全和公平、公正、合理、有效使用。

　　2010年度，玛纳斯县参加新型农村合作医疗农牧民人数为83395人，参合率达103%。2010年1-6月合作医疗基金收入 1130.38万元,其中：上级财政补助收入 646.68万元,县级财政补助收入233.51万元，农民个人缴费250.19万元。2010年1-6月合作医疗基金支出为 568.85万元。