在填列国家税务总局《关于修订企业所得税纳税申报表的通知》（国税发〔2006〕56号）中的《投资所得（损失）明细表》（以下简称明细表）时，因为会计上确认的投资收益与税法上确认的投资收益不相同，我们遇到以下几个实际问题：
（一）明细表中的投资收益与会计上确认的投资收益有何不同？
（二）在何种情况下需要补税？需要补税的投资收益与不需要补税的投资收益在明细表中填列时有何不同？
（三）当投资转让所得或损失为负数（即为损失）时，如何填列？
针对上面提出的问题，我们可以从以下几个方面加以理解分析。
1、明细表中的投资收益与会计上确认的投资收益的不同之处主要体现在以下几方面：
①明细表中的投资收益只包括持有期间形成的投资收益，转让时形成的投资收益通过投资转让净收入与投资转让成本之差反映；而会计上确认的投资收益不仅包括前述二者，还包括其他项目。
②会计制度和投资准则规定，纳税人可以根据市价变动情况提取短期投资跌价准备和长期投资减值准备，调整投资收益；而税收规定这两项准备不允许在税前扣除。
③对短期债权投资收益，会计制度规定对持有短期债权投资过程中实际取得的利息作为投资成本收回，冲减投资成本，不确认投资收益；而明细表中，除了投资初始时支付的款项中包含已到期尚未领取的利息外，其他持有期间取得的利息一律确认为利息所得，而不是冲减投资成本。对短期股权投资收益，会计上只确认投资转让收益或损失；明细表严格区分股息性所得与投资转让收益或损失，股息性所得的确认时间是被投资方会计上进行利润分配时，不是完全的收付实现制。
④在权益法下，会计上反映的投资收益与明细表中的投资收益更是相差甚远。只要接受投资方所有者权益发生变化，投资方在会计处理时就要按比例调整投资收益；而税法规定，不论纳税人会计账务中对投资采取何种方法核算，在被投资方会计上进行利润分配的账务处理（包括以盈余公积和未分配利润转增资本）时，投资方应确认投资收益（股息收益）。
2、只有当投资方的税率高于被投资方税率时，纳税人从其分回的利润才需要补税。
主要包括：中方企业单位从设在经济特区、上海浦东新区、经济技术开发区、开放区等国务院批准的特定区域（不包括高新技术产业开发区）的中外合资企业分回的税后利润，凡该中外合资企业适用15%或24%所得税税率的，中方企业所在地所得税税率高于此税率，则分回的投资收益需要补税。需要补税的投资收益应计算在被投资方实际缴纳的所得税并在报表中反映（不需还原成税前所得）；对不需补税的股权投资的持有收益，不再计算其被投资方的已纳所得税额，同样也不必还原。
3、投资收益和转让所得处理
（1）当本期股权投资收益和投资转让所得少于本期发生的股权投资转让损失时，损失可税前扣除，具体税前扣除额度应根据《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）第二大条第（三）条规定：企业因收回、转让或清算处置股权投资而发生的股权投资损失，可以在税前扣除，但每一纳税年度扣除的股权投资损失，不得超过当年实现的股权投资收益和投资转让所得，超过部分可无限期向以后纳税年度结转扣除。因此，其在本年应作纳税调整，填入附表四第12行的相关项目。
（2）当本期股权投资收益和投资转让所得大于本期发生的股权投资转让损失时，其超过部分应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。根据《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）第二大条第（一）条规定：企业股权投资转让所得或损失是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额。企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。
例：2006年甲公司（所得税税率为33%）投资于A、B两公司，当年会计上确认投资收益分别为B公司（所得税税率为33%）9万元；A公司（经济特区所得税税率15%）－18.5万元。审查原始凭证，对A公司的投资主要为短期股权投资：3月购入A公司股票100万元，4月10日收到现金股利4万元，10月转让50%的该项投资，转让价为30万元，支付手续费0.5万元，短期投资账面余额为48万元。对B公司的投资为长期股权投资：4月1日，以100万元投资B公司普通股，占B公司30%的股权（设无股权投资差额），5月10日B公司债务重组，净资产增30万元，6月30日B公司分配上半年股利，甲公司分得股利5万元。无其他投资事项。
所得税申报表上对A公司“投资收益”为4万元，对B公司的“投资收益”为5万元，合计9万元，填主表第2行；A公司为需要补税的投资收益，已缴所得税＝4÷（1－15%）×15%＝0.7059（万元），填主表第19行：“投资转让净收入”为29.5万元（30－0.5），填主表第3行：“投资转让成本”为50万元，填主表第10行，“投资转让所得或损失”为－20.5万元（29.5－50），“本年度股权投资转让损失税前扣除限额”为9万元，由于20.5＞9，所以，11.5万元（20.5－9）应填入附表四《纳税调整增加项目明细表》第12行“股权投资转让净损失”。