一、已办理退税，退关退货的处理
出口企业出口货物发生退关退货后，出口企业必须向所在地主管出口退税的税务机关办理申报手续，补缴已退（免）的税款，如果退运的货物已经申报办理退税的，并分别依以下情况予以处理：
（一）如出口企业将退关退运货物加工整理，更换相同规格型号的货物重新出口，或将退运货物退给供货企业不再出口的，出口企业应持有关凭证到其主管退税的税务机关申请办理“出口商品退运已补税证明”及“进货退出及索取折让证明单”（以下简称“证明单”），出口企业或供货企业凭证明单冲减当期销售收入和销项税额。
（二）出口企业将退关退运的货物转为内销的，应持有关凭证到其主管退税税务机关办理“出口转内销证明单”，作为其内销时进项抵扣凭证。
二、已申报、未办理退税，退关退货的处理
出口企业将购进货物的增值税专用发票（抵扣联）报送给主管出口退税税务机关后，货物发生退货而转作内销或部分内销的，企业须向主管出口退税的税务机关申请办理“出口商品退运已补税证明”，其应退税款在退税总额中予以扣除或比照已退税业务补交税款（已申报资料正常办理退税）。同时，外贸出口企业还应填列“出口货物转内销证明”，经主管出口退税税务机关签章后，作为内销时抵扣进项税额的凭证，企业申报的增值税专用发票（税款抵扣联）留存退税机关。
三、未申报退税，退关退货的处理
对出口企业尚未申报退税却已发生退关退货并转作内销的，由于有关原始单据在企业，由出口企业提出书面申请并提供有关原始单据，经主管税务机关审核后，在书面申请报告及原始单据上签注“未办理退税”字样。