生产企业骗取出口退税款的，由税务机关追缴其骗取的退税款，并处骗取退税款一倍以上五倍以下罚款；并由省级以上（含省级）税务机关批准，停止其半年以上出口退税权。在停止出口退税权期间，对该企业自营、委托或代理出口的货物，一律不予办理出口退（免）税。涉嫌构成犯罪的，移送司法机关依法追究刑事责任。
对故意接受虚开增值税专用发票或者故意接受虚开可抵扣税款的其他发票（凭证）偷逃税款、骗取出口退税的，各地税务机关必须至少对其三年内的税收缴纳情况进行全面检查；凡检查发现问题的，还要依法追溯到以前年度。经调查取证认定为故意接受虚开发票的，要排除各方干扰，依法从重处罚，不得以任何理由拖延推诿。
商规发[2004]363号文规定，对从事“四自三不见”业务、涉嫌骗取出口退税或骗取出口退税的出口企业，各级商务、税务部门要依法查处，并依法严肃处理。该予以行政处罚的，要依法予以行政处罚；该移送公安机关立案查处的，要移送公安机关立案查处；构成犯罪的，要移送司法机关追究其单位及责任人的法律责任。
另外，国税发[2005]72号规定对有偷税、骗取出口退税等涉税违法行为的企业和有涉嫌涉税违法正在接受审查的企业，不得申请国家认定企业技术中心。税务部门在接到同级企业技术中心主管部门抄送推荐的国家认定企业技术中心名单后，应对推荐企业是否有该款列明的情况进行核实，并将结果于7月15日前报至总局。对已被认定为国家认定企业技术中心的企业，有偷税、骗取出口退税等涉税违法行为的，要撤消其国家认定企业技术中心资格。税务部门应将有问题的已认定为国家认定企业技术中心的企业名单及相关情况，于每年7月15日前报至总局，可与推荐企业的核实情况一同上报。