新企业所得税纳税申报表重新明确了《国家税务总局关于工会经费税前扣除问题的通知》（国税函〔2000〕678号）中所称每月全部职工工资，是指按税收规定允许税前扣除的工资额。该数额是允许税前扣除的工会经费的计算基数，未提供缴纳工会经费专用缴款收据的，计提的工会经费全额纳税调增。
这与当前主流媒体就工会费的计提基数的解释有些冲突，如有观点依据《工会法》第四十二条规定“工会经费的来源包括：（一）工会会员缴纳的会费；（二）建立工会组织的企业、事业单位、机关按每月全部职工工资总额的2%向工会拨缴的经费；” 《立法法》第七十九条第一款规定，法律的效力高于行政法规、地方性法规、规章，《工会法》是由全国人大常委会通过的法律，而《企业所得税暂行条例》是由国务院制定的行政法规，前者是上位法，后者是下位法，因此当两者发生冲突时，应适用上位法，即按工资总额的2%在税前扣除工会经费。
2005年 1月21日，中华全国总工会和国家税务总局联合下发了《关于进一步加强工会经费税前扣除管理的通知》（总工发〔2005〕9号），对工会经费的税前扣除作了进一步明确：凡依法建立工会组织的企业、事业单位以及其他组织，每月按照全部职工工资总额的2%向工会拨缴工会经费，并凭工会组织开具的工会经费拨缴款专用收据在税前扣除。工资总额按照国家统计局《关于工资总额组成的规定》（1990年第1号令）颁布的标准执行，工资总额组成范围内的各种奖金、津贴和补贴等，均计算在内。但总局[2006]56号文新的申报表重又强调按税收规定允许税前扣除的工资额，在联合发文尚未作废之时，是否是有文件打架之嫌？有待总局进一步明确。