企业所得税法上所称“公益、救济性捐赠”是指纳税人通过中国境内非营利性的社会团体、国家机关向教育、民政等公益事业和遭受自然灾害地区、贫困地区的捐赠。公益、救济性捐赠是属企业自愿的、合理合法的费用支出项目。但从国家的根本利益出发，公益、救济性捐赠直接侵蚀企业所得税税基，从而影响国家财政收入。捐赠如果在企业所得税税前扣除上不加以限制，就相当于纳税人将一部分属于国家的税收一并予以捐赠。所以，依据公益、救济性捐赠的性质、对象不同，企业所得税规定了3%、10%、1.5%不等的扣除限制（全额扣除除外），而扣除基数是依据“纳税人年度应纳税所得额”。而何为“应纳税所得额”？
按照《企业所得税暂行条例实施细则》的规定，“应纳税所得额”=收入总额-准予扣除项目金额。公益性捐赠同样是属准予扣除的项目，所以，从严格意义上讲，捐赠扣除限额=（不含捐赠的纳税所得额-准予扣除的捐赠金额）*准予扣除的比例。但如此计算捐赠限额比较繁琐，为了便于计算，国税发[1994]第 229号文规定：“企业的公益性、救济性捐赠可以在应纳税所得额3%以内的部分予以扣除，为了计算简便，现将具体计算程序明确如下：（一）调整所得额，即将企业已在营业外支出中列支的捐赠额剔除，计入企业的所得额；（二）将调整后的所得额乘以3%，计算出法定公益性、救济性捐赠扣除额；（三）将调整后的所得额减去法定的公益性、救济性捐赠扣除额，其差额为应纳税所得额。企业当期发生的公益、救济性捐赠不足所得额的3%的，应据实扣除。”该规定既方便于税务机关的计算又有利于纳税人。
但原有《企业所得税纳税申报表》即（国税发[1998]190号）文中对捐赠扣除却规定为：公益救济性捐赠的扣除限额=主表第42行“纳税调整前所得”*3%，而主表第42行“纳税调整前所得”为主表第14行-第15行-第16行，第16行为“期间费用”，该期间费用中包括了企业在“营业外支出”、主营业务税金及附加等科目中发生的允许税前扣除的项目，并且“期间费用”中明确列举了纳税人的“捐赠支出”。这就是说，该捐赠是根据收入总额扣除允许扣除项目所发生的全部金额后的余额作为扣除的基数。该规定显然是与企业所得税政策相违背：首先是对已在营业外支出的捐赠支出未予以剔除。其次，该规定错误的将“准予扣除项目金额”理解为“准予扣除项目的全额”。从企业所得税的角度，纳税人所有发生的成本、费用、税金、损失中分为“准于扣除的项目”和“不准予扣除的项目”两大类，“不准予扣除项目”中，不论发生金额的大小，一律不得税前扣除。而在“准予扣除项目”中并非是一律全额扣除，对有一些扣除项目，企业所得税进行了限制。所以“准予扣除项目金额”与“准予扣除项目的全额”是两个不同的概念。“准予扣除项目金额”有两层含义：一是必须是企业所得税规定的允许扣除的项目；二是必须是准予扣除的年度应纳税所得额金额，对超过企业所得税规定的额度的，不允许税前扣除。由于这两点都是对纳税人利益的伤害，由此造成征纳双方的矛盾是不可避免的。
而新修订的《企业所得税纳税申报表》（国税发[2006]56号）文就解决了这一矛盾：一是剔除了捐赠支出。根据国税发[2006]56号文规定：附表二（1）《成本费用明细表》第17行“其他扣除项目合计”填入主表的第7行“其他扣除项目”，而附表二（1）《成本费用明细表》第17行“其他扣除项目合计”=本表第18+26行。填表说明为：第18至25行“营业外支出”填报纳税人按照会计制度核算的“营业外支出”中剔除捐赠支出后的余额，依据税收政策规定可以扣除的项目（“依据税收政策规定可以扣除的项目”是新所得税报表中的一个疏忽：新所得税报表是对不论是允许税前扣除项目，还是不允许税前扣除项目，除了捐赠支出剔除外，均先计入纳税调整前所得，然后对不允许税前扣除的项目以及超过允许税前扣除限额的金额作纳税调整处理。所以，应删除“依据税收政策规定可以扣除的项目”。）。并且该填表说明中明确：“按照会计制度核算在'营业外支出' 列支的各项捐赠支出（包括公益、救济性捐赠支出，非公益救济性捐赠支出）不在本表二填报，而在附表八《捐赠支出明细表》中填报。”。并且在纳税调整增加项目明细表（企业所得税年度纳税申报表附表4）中不包含捐赠项目。也就是说，该规定对已在营业外支出中列支的捐赠额剔除，计入企业的所得额。并且不论纳税人是公益、救济性捐赠或是非公益救济性捐赠，一律予以剔除（从严格意义上，非公益救济性捐赠是属不允许税前扣除项目），其实质上也就是加大了纳税人的捐赠基数，对企业更加有利。
捐赠的基数为年度应纳税所得额。根据国税发[2006]56号文规定：允许扣除的公益救济性捐赠的计算基数为申报表主表第16行“纳税调整后所得”，“纳税调整后所得”为主表的第13+第14-第15，而第13行为“纳税调整前所得”，第14行为“纳税调整增加额”，第15行为“纳税调整减少额”，“纳税调整前所得”+“纳税调整增加额”-“纳税调整减少额”方为企业所得税应纳税所得额。“纳税调整前所得”虽然包括了企业所得税中不允许扣除的项目，但所有不允许扣除的项目以及超过允许扣除项目限额的，在“纳税调增项目”中进行了相应的纳税调整。
总之，新的企业所得税纳税申报表是按照企业所得税应确定的收入总额减去会计上确认的除捐赠（包括公益性捐赠和非公益性捐赠）外的所有支出项目以及按照企业所得税的规定应确认的扣除项目的余额为“纳税调整前所得”，尔后按照企业所得税的规定调增或调减所得额，捐赠是按照调整后的应纳税所得作为扣除的基数.