根据现行行政单位会计制度有关规定，行政单位应根据工资总额的2.5%、2%（不含离退休费）分别计提福利费和工会费，一般要求先提后用、专设账户、专款专用。自2001年以来，国家深化了财政国库管理制度改革，推行了部门预算和国库集中收付制度，原有行政单位福利费、工会费的计提、核算也应作出相应变动。
部门预算就是一个部门一本预算，由预算单位按照统一编报时间、规范编报内容、统筹安排预算内外资金的要求，将一个部门的全部收入和支出完整体现在一本预算中。国库集中收付制度的核心是通过建立国库单一账户体系，对所有财政性资金的运行进行管理，收入直接缴入国库或财政专户，支出通过国库单一账户体系直接支付到商品和劳务供应者或用款单位。在部门预算和国库集中收付制度下，各地虽具体规范不同，但基本上有三个共同点：一是不允许将财政性资金从国库或财政专户转拨到单位原银行账户；二是将预算单位零余额账户作为基本账户，将单位原基本账户改为实拨资金账户，并逐步撤销单位实拨资金账户；三是在会计核算中，由于行政单位采用收付实现制，财政拨款一般按“以支定收”原则操作，即在批复的预算范围内，单位财政拨款收入按实际支付金额确定，预算节余部分经财政审核后，符合条件的结转单位下年度使用，作为行政单位下年度收入，不符合条件的即予冲销。
继续延用传统办法计提福利费、工会费既无法操作也无实际意义，容易导致以下问题：一是收支不符。按比例计提后，年末往往会有贷方余额，从而虚增负债；同时按计提金额列作收入，与实际收入不符，导致收入虚增；二是账账不符。使用福利费、工会费账面冲减累计贷方余额，而实际支付时是通过国库支付网（预算单位零余额账户）冲减当年财政拨款额度。由于计提金额与实际使用金额并不一定相等，节余部分不一定结转单位，且很难区分结转部分的构成，从而导致账账不符；三是预算不符。部门预算一般从每年9月份开始编制，到次年3月份前后人大审查通过后执行。人员增减、政策性调资、奖励等因素会导致实际支付的工资总额与预算之间存在差异，按比例实际计提的福利费、工会费同预算之间有也存在差异。根据部门预算的要求，应按程序对福利费、工会费进行调整，但事实上这种预算调整很难做到，从而导致预算不符。
鉴于此，笔者建议，在国库集中收付制度下行政单位不再计提福利费、工会费，在编制下年度单位部门预算时统筹考虑国家工资政策、单位实际人员状况等因素，按规定比例计算福利费、工会费，编入部门预算报批。按规定使用时直接列作当年费用，借记“经费支出——福利费（工会费）”，贷记“财政拨款——福利费（工会费）”。执行时如与预算差异较大，应按程序报请调整。这样，既可解决按原规定计提导致虚列收支、账账不符、预算不到位等问题，又能适应财政国库管理制度改革的要求，同时也有利于加强行政单位财务管理，强化部门预算的刚性和约束力。