对于按规定不予抵扣的进项税额，账务处理上采用不同的方法：
（1）购入货物时即能认定其进项税额不能抵扣的。如购进固定资产，购入货物直接用于免税项目，或者直接用于非应税项目，或者直接用于集体福利和个人消费的，其增值税专用发票上注明的增值税额，记入购入货物及接受劳务的成本。
例1：B公司从C公司购入一台不需安装的设备，价款为100万元，增值税专用发票上注明税款为17万元，款项已支付。
借：固定资产 1170000
贷：银行存款 1170000
（2）购入货物时不能直接认定其进项税额能否抵扣的，其增值税专用发票上注明的增值税额，按照增值税会计处理方法记入“应交税金-应交增值税（进项税额）”科目，如果这部分购入货物以后用于按规定不得抵扣进项税额项目的，应将原已记入进项税额并已支付的增值税转入有关的承担者予以承担，通过“应交税金-应交增值税（进项税额转出）”科目转入有关的“在建工程”、“应付福利费”、“待处理财产损溢”等科目。如无法准确划分不得抵扣的进项税额的，应按增值税法规规定的方法和公式进行计算。
例2：某民营制造企业购入一批材料，增值税专用发票上注明的增值税额为20.4万元，材料价款为120万元。材料已入库，货款已经支付（假设该企业材料采用实际成本进行核算）。材料入库后，该企业将该批材料的一半用于工程项目。根据该项经济业务，企业可作如下会计分录：
①材料入库
借：原材料 1200000
应交税金-应交增值税（进项税额） 204000
贷：银行存款 1404000
②工程领用材料
借：在建工程 702000
贷：应交税金-应交增值税（进项税额转出） 102000
原材料 600000
（3）非正常损失的在产品、产成品所用购进货物或应税劳务。
按税法规定，非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或应税劳务的进项税额不得从销项税额中抵扣。当发生非正常损失时，首先计算出在产品、产成品中耗用货物或应税劳务的购进额，然后作相应的账务处理，即按非正常损失的在产品、产成品的实际成本与负担的进项税额的合计数，借记“待处理财产损益———待处理流动资产损益”科目，按实际损失的在产品、产成品成本贷记“生产成本———基本生产成本”、产成品科目，按计算出的应转出的税金数额，贷记：“应交税金——应交增值税（进项税额转出）”科目。
例3：A企业1998年8月由于仓库倒塌毁损产品一批，已知损失产品账面价值为80000元，当期总的生产成本为420000元。其中耗用外购材料、低值易耗品等价值为300000元，外购货物均适用17%增值税税率。
则：损失产品成本中所耗外购货物的购进额=80000*（300000/420000）=57144（元）
应转出进项税额=57144*17%=9714（元）
相应会计分录为：
借：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢 89714
贷：产成品80000
应交税金-应交增值税（进项税额转出） 9714