关联方业务往来的会计和税务处理存在一些差异，这可能对企业利润以及纳税所得额等重要指标的计算产生影响，需要引起关注。
在关联方交易的账面价值确定上，会计遵循实质重于形式原则，一般以交易价格确认收入，而关联方之间实际交易价格超过确认为收入的部分，可按其差价计人资本公积，《特别纳税调整实施办法（试行）》将“转让定价方法”作为重要的一章，要求按可比非受控价格法、再销售价格法、成本加成法、交易净利润法、利润分割法和其他符合独立交易原则的方法确认和调整其计税收入，要求关联企业业务往来应当按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用，否则将调整其应纳税额。
对于关联方借款利息的税前扣除问题，《企业会计准则第17号——借款费用（2006）》第二条规定，企业发生的借款费用，可直接归属于符合资本化条件的资产的购建或者生产的，应当予以资本化，计入相关资产成本，其他借款费用，应当在发生时根据其发生额确认为费用，计入当期损益，而对于关联方之间的借款利息扣除并没有专门的限制规定。按照《中华人民共和国企业所得税法》第四十六条规定，企业从其关联方接受的债权性投资与权益性投资的比例超过规定标准而发生的利息支出，不得在计算应纳税所得额时扣除。《特别纳税调整实施办法（试行）》第九章《资本弱化管理》对此散了补充说明，即：不得扣除利息支出＝年度实际支付的全部关联方利息×（1-标准比例／关联债资比例）。《财政部 国家税务总局关于企业关联方利息支出税前扣除标准有关税收政策问题的通知》（财税[20081121号）规定了关联方债权性投资与权益性投资标准比例，金融企业为5：1，其他企业为2：1；按照《国家税务总局关于企业向自然人借款的利息支出企业所得税税前扣除问题的通知》（国税函[2009]777号），企业向股东或其他与企业有关联关系的自然人借款的利息支出，按照以上方式计算企业所得税扣除额，而企业向股东和有关联关系的自然人以外的内部职工或其他人员借款的利息支出，其借款情况同时符合条件的，其利息支出在不超过按照金融企业同期同类贷款利率计算的数额的部分准予扣除；同时，按照《特别纳税调整实施办法（试行）》第八十九条，企业关联方债权性投资超过规定比例后，准予在一定条件下，超过部分的利息支出仍能获得税前抵扣。
对于关联方之间债务、费用的承担，会计的一般处理为：对于承担方，关联方是上市公司的子公司时，承担方应按所承担的债务、费用计入“营业外支出—承担关联方债务”、“营业外支出—承担关联方费用”；关联方是上市公司的母公司或同受一个公司的控制或共同控制时，承担方应按承担的债务或费用作为对母公司的利润分配；关联方是上市公司的董事监事高层管理人员时，承担方应按承担的债务或费用作为对董事监事、高层管理人员的报酬支付或形成债权。对于被承担方，按承担方实际为其承担的债务计入“资本公积—关联交易差价”，按照支出情况的不同将其反映在成本费用中或计入“资本公积一关联交易差价”。税法对关联方承担债务费用的一般处理为：承担方将所承担的债务费用计入“其他各项支出”，不得在税前扣除；被承担方将其计入捐赠收入（非公益性），并按所得额缴纳所得税。此外，《特别纳税调整实施办法（试行）》第七章“成本分摊协议管理”规定，企业与其关联方签署成本分摊协议，有“不具有合理商业目的和经济实质”、“不符合独立交易原则”、“没有遵循成本与收益配比原则”等所示情形之一的，其自行分摊的成本不得税前扣除。
在关联方应收账款的处理上，《财政部关于印发（企业会计制度）的通知》（财会[2000]25号）第五十三条称，“除有确凿证据表明该项应收款项不能够收回或收回的可能性不大外（如债务单位已撤销，破产、资不抵债、现金流量严重不足、发生严重的自然灾害等导致停产而在短时间内无法偿付债务等，以及3年以上的应收款项），下列各种情况不能全额计提坏账准备：（一）当年发生的应收款项；（二）计划对应收款项进行重组，（三）与关联方发生的应收款项；（四）其它已逾期，但无确凿证据表明不能收回的应收款项。”也就是说，关联方之间发生的应收账款的会计处理为：有确凿证据表明该项应收款项不能够收回或收回的可能性不大的，可全额计提坏账准备；否则，不可全额计提坏账准备，但并没有完全限制关联方之间往来账款提取坏账准备金。