甲建筑工程有限公司（以下简称“甲公司”）2003年在土地交易中心受让一块面积1226.2平方米的国有土地使用权，经当地发改委审核批准拟进行房地产开发，并专门成立项目开发部（以下简称“该项目”），未成立独立项目法人。由于资金不足，2006年，甲公司联合该市乙房地产开发有限公司（以下简称“乙公司”）合作开发该项目。合作协议约定，双方共同出资1000万元，其中甲公司出资52%，乙公司出资48%，待开发完毕，依此比例分配开发产品。2009年，因开发过程中双方出现严重分歧，甲公司将该项目整体转让给乙公司，乙公司支付甲公司出资额520万元。
2011年，在房地产税收专项检查中，稽查人员发现，甲公司、乙公司在该项目转让过程中未办理契税纳税申报手续。检查人员对合作开发者间进行项目整体转让的情形如何征收契税存在两个疑问：一是项目开发过程中，合作者间进行项目转让要不要征收契税？二是契税的计税依据如何确认？
甲公司将未开发完的项目整体转让给乙公司，房屋尚未建成，应定性为土地转让行为。根据《契税暂行条例》的规定，境内转移土地，房屋权属，承受的单位和个人为契税的纳税人，而土地使用权转让属于转移土地的行为，乙公司应就转让环节承受土地的行为履行契税纳税义务。
根据转让协议，乙公司给付甲公司的520万元项目转让款，不含乙公司的前期投入成本。稽查人员在案件办理过程中，针对契税计税依据如何确认有两种意见：一是按照乙公司付给甲公司的520万元项目转让款为准；二是按照最初取得土地的成本加经评估后的土地增值部分确认转让收入，也就是乙公司实际支付额520万元加上乙公司实际投入资金作为计税依据。财政部、国家税务总局《关于使用权转让契税计税依据的批复》（财税[2007]162号）规定，土地使用者将土地使用权及所附建筑物、构筑物等（包括在建的房屋、其他建筑物、构筑物和其他附着物）转让给他人的，应按照转让的总价款计征契税。甲公司、乙公司在该项目转让中，协议转让金额520万元是否可认定为文件中所指的转让总价款，须进行法理分析。在法理上，甲公司、乙公司合作开发该项目，未成立独立的项目法人，乙公司在前期的投入应认定为对甲公司的债权性投资（经调查，乙公司前期投入成本450万元），对甲公司来讲，会计分录为：
借：开发成本 4500000
贷：长期应付款 4500000
转让款520万元实际为该项目经评估增值后的总价值抵扣甲公司对乙公司债务（乙公司投入成本450万元）后的差额，对乙公司来讲，会计分录为：
借：开发成本 5200000
贷：银行存款 5200000
在不考虑契税征收评估价格的情况下，契税计税依据应以上述第二种意见为准，以乙公司实际支付额520万元加上乙公司实际投入资金作为计税依据征收契税（实际投入450万元，当地契税税率为4%），应缴契税（520＋450）×4%＝38.8（万元）。会计分录为：
借：开发成本 388000
贷：银行存款 388000