会计电算化的实施，大大提高了会计信息处理的速度和准确性，能为用户提供及时、准确的会计信息，是会计事业发展史上一次史无前例的飞跃。但在这个飞跃也给审计工作带来很大的影响，归纳起来主要有下列几方面：
　　
　　一、审计线索的改变
　　
　　由于会计实行电算化，使审计线索发生很大变化，传统的手工会计系统中的审计线索在电算化系统中将会中断甚至消失。在手工系统中，由原始凭证到记账凭证，由过账到财务报表的编制，每一步都有文字记录，都有经手人签字，审计线索十分清楚。审计人员进行审行，完全可以根据需要进行顺查、逆查或抽查。但在电算化会计系统中，传统的账薄没有了，绝大部分的文字记录消失了，代之的是存有会计资料的磁盘和磁带，这些磁性介质上的信息是以机器可读的形式存在的，肉眼不能识别。此外，从原始数据进入计算机，到财务报表的输出，这中间的全部会计处理集中由计算机按程序指令自动守成，传统的审计线索在这里中断了、消失了。传统的查账方法，对电算化的会计个体已不完全适用。为了能有效地审计电算化的会计个体，在电算化会计系统的设计和开发时必须注意审计需求，要留下新的审计线索。例如，要留下每笔经济业务的详细记录，而不能只留下更新后的当前余额。有些系统中的暂存文件，经过一定的时间就要被删掉。如果审计需要查这些文件，则应拷贝，以便查寻。
　　
　　二、会计系统内部控制的改变
　　
　　国际上近代的审计都是以系统为基础的，即审计师要对会计系统的内部控制进行审查和评价，以作为制定审计方案和决定抽查范围的依据。由于会计系统实现了电算化，手工会计系统原有的内容控制已不能适应电子数据处理的新特点，不能有效地降低电算化会计系统特有的风险。例如，在电算化会计系统中，会计信息的处理和存贮高度集中于计算机，会使手工会计系统中的某些职责分离，互相寄制的控制失效。为了系统的安全可靠和系统处理与存贮的会计信息准确完整，必须考虑电算化系统的特点，针对其固有的风险，建立新的内部控制。这些内部控制除了有关电子数据处理的制度、规定和人工执行的程序控制外，内部控制的程序化是电算化会计信息系统的一个重要特点。如何识别、研究、审查和评价这些新的内容控制，尤其是程序化的内部控制，是会计电算化给审计提出的又一个新问题。美国注册会计师协会发表的第3号审计准则概论指出："如果客户在其会计系统中使用了电子数据处理，无论应用是简单的带是复杂的，审计员都要充分地了解整个系统， 使得能识别和评价系统的基本会计控制的特点。在包括较复杂的电子数据处理应用的情况下，审计员在执行必要的审计方案中将要就应用专业化的电子数据处理的专门知识"。在会计电算化条件下，由于内部控制变化了，审计人员必然研究电算化系统的内部控制，掌握其审查方法。对程序控制，审计员要利用计算机辅助审计技术进行审计。对于电算化会计信息系统内部控制的弱点，审计人员要能评估其影响，并向被审单位提出改进的建议。
　　
　　三、审计内容的改变
　　
　　在会计电算化条件下，审让的监督职能虽然没有改变，但审计内容却发生了变化。在电算化会计信息系统中，会计事项由计算机按程序自动进行处理，如果系统的应用程序出错或被非法篡改，则计算机只会按给定的程序以同样错误的方法处理所有的有关会计事项，系统就可能被不知，鬼不觉地嵌入非法的舞弊程序，不法分子可以利用这些舞弊程序大量侵吞企业的财物。系统的处理是否合规、合法、安全可靠，都与计算机系统的处理和控制功能有直接关系。电算化会计信息系统的特点，及其固有的风险，决定了审计的内容要增加对计算机系统处理和控制功能的审查。在会计电算化条件下，审计人员要花费较多的时间和精力来了解和审查计算机系统的功能，以证实其处理的合法性、正确性和完整性，保证系统的安全可靠。 

　　当一个系统已经完成并投用后，再对它进行改进，比在系统设计、开发阶段进行困难得多，费用昂贵得多。因此，除要对投用后的电算化会计信息系统进行事后审计处，还应提倡在系统的设计、开发阶段，应有审计人员参与进行事前和事中的审计。他们在系统设计开发的各个阶段要注意审查和考核下列问题：一是系统的功能是否恰当、完备、能否满足用户核算和管理的要求；二是系统的数据流程、处理方法是符合会计制度、法规、法令和财经纪律的要求；三是系统是否建立了恰当的程序控制，以防止或及时发现无意的差错或有意的舞弊；四是系统是否保留了充分的审计线索，能否为日后顺利开发审计提供必需的条件；五是系统的安全保密措施和管理制度是否健全，能否为系统日后安全可靠地运行系统的开发控制。审计人员还参与系统的调试、检测和验收，尽可能及时地发现系统的问题，及时提出改进意见。

　　四、审计技术的改变

　　在手工会计处理的条件下，审计可根据具体情况进行顺查、逆查或抽查。审查一般采用审阅、核对、分析、比较、调查和证实等方法。所有审查工作都是由人工完成的。在会计电算化条件下，会计的特点决定了审计的内容和技术的改变。虽然人工的各种审查技术仍是很重要的，但计算机辅助审计是必不可少的审计技术。

　　信息处理的电算化和信息存贮的电磁化，如果没有全部打印输出纸质的账表文件，磁性介质上的会计资料是肉眼所不能识别的，审计人员只能利用计算机对它进行审查。即使系统的全部账表都要硬拷贝，利用计算机比手工可以更迅速、更有效地完成审阅、核对、分析、比较等各项审查工作。例如，计算机可以帮助审计人员审阅账务文件，找出满足指定条件的会计记录；可以对众多的会计事项进行统计抽样，以便审计员对缺抽出样本进一步审查；还可以根据系统所记录的会计资料计算出各种财务比率、变化率和进行各种分析比较等等。
 
　　在会计电算化条件下，既要对计算机系统的处理和控制功能进行审查，又要采用计算机辅助审计技术。对计算机系统功能的审查，必须运行计算机，让计算机执行各种操作和处理，也就是利用计算机开展审计。此项审查是不能离开计算机仅由人工来完成的。 

　　另一个计算机辅助审计技术的应用是，在电算化会计信息系统的设计开发过程中，可事先在被审计的计算机系统中的嵌入审计程序。这些程序可以执行审计监督，建立审计跟踪文件，记录符合指定条件的会计事项及其操作处理的有关信息，以便日后审计人员踊跃追查。这些程序还可以执行一些特殊的审计功能。

　　五、对审计人员的要求更高

　　在会计电算化条件下，由于审计线索内容控制、内容和审计技术的改变，决定了对审计人员的要求高了。不懂得计算机的审计人员，因审计线索的改变而无法踊跃审计；不懂得电算化会计系统的特点和风险而不能识别和审其内部控制；不懂得使有计算机而无法对计算机进行审查或利用计算机进行审计。因此，要求审计人员不仅要有会计、审计理论和实务知识，而且要掌握计算机和电算化会计方面的知识和技能。
 
　　由上述可见，会计电算化给审计提出了许多新问题、新要求。传统的手工审计已不能适应电算化的要求。学习、研究和开展计算机审计是审计部门和审计人员的新课题和新任务。