近年来，中央财政不断加大对财政支农专项资金的投入，特别是2006年《中共中央国务院关于推进社会主义新农村建设的若干意见》公布后，中央财政安排用于“三农”的资金大幅增长，如何分配、管理和使用好这些资金，确保科学分配、规范管理和安全合法有效使用，最大限度地发挥其经济效益和社会效益，已成为当前党和各级政府关注的重点工作，加之有关部门强化了管理、监督力度，从总体上看支农专项资金分配和管理使用情况是好的。但审计中也发现当前支农专项资金在管理方面也还存在一些问题。主要是项目点多面广，资金严重分散，且受部门分割条条管理和专款专用制度的制约，地方在支农资金的使用中很难有效整合，致使地方政府难以集中财力解决“三农”事业发展方面面临的突出问题，影响支农资金更大效益的发挥；项目执行和资金拨付滞后，影响中央支农惠农政策的贯彻落实；一些主管部门(单位)受部门利益驱动或缺乏责任心，在支农项目实施过程中，仍存在变相增加农民负担、损害农民利益等问题。

　　一、财政支农专项资金管理中存在的问题

　　（一）支农专项资金范围没有明确界定。明确界定支农专项资金的管理范围是加强支农专项资金管理基础。新的预算支出科目,将财政扶贫资金列入支援不发达地区支出,作为专项资金管理已明确规定,而其它支农资金则分别列入农业、林业、水利和气象支出科目中,一般将上级拨入特定用于农业专项工程支出的财政资金,纳入财政支农专项资金管理,如农业综合开发资金、天然林保护、退耕还林资金等，并制定了相应的管理办法：对于上级拨入或地方安排列入农村公益事业、推广与培训、造林、防汛抗旱等科目的支农资金，是否纳入财政支农专项资金管理没有明确规定。在目前实行部门预算中,有关农口单位取得的预算外收入中的专项收入,如防汛费、水资源费、育林基金、维简费、森林植被恢复费等,虽按规定全额上缴财政专户,但资金使用时,仍未作为财政支农专项资金管理,这类资金占支农资金总量的份额大,涉及项目多,若不纳入专项资金管理显然有失公允,也不利于资金使用效益的提高。

　　（二）支农专项资金预算编制不够规范。进入了一个有法可依的新时期。但是县市财政普遍困难,预算编制一要吃饭,二要建设的原则,决定了人员经费支出的优先地位。即在预算安排中,对于基本支出部分的人员经费按标准计算,公用经费按定额计算,之后视财力可能编制专项支出。也就是说,专项资金分配既缺乏科学合理的标准和依据,又缺乏硬性约束。预算安排只能保人员工资,保基本运转的前提下,再安排财政支农专项资金,既使安排也是杯水车薪。有些县市为应付人大或上级单位的检查,年初预算安排一定数额的资金,年终调减或空列支出,使财政支农专项资金的法定预算受到人为因素影响,不能按法定程序预算和增加。形成有钱养人,无钱办事的吃饭财政。

　　（三）支农专项资金使用中存在违规违纪现象。近年来,从审计部门对财政支农专项资金的审计情况可以看出,支农专项资金使用中的违规违纪现象仍然存在,主要表现为;一是专项资金没有实行独立核算，人员经费、公用经费、项目经费混合使用,严重挤占、挪用支农资金；二是改变支农资金投向,用于“面子工程”、“可视工程”；三是虚列支出，虚列项目，套取支农专项资金；四是以会议费、差旅费、考察费等名目挤占专项资金项目管理费；五是财政迟拨、滞留、占用专项资金用于资金调度；六是支农专项资金使用效益低，损失浪费严重。

　　（四）支农专项资金管理弱化。财政支农专项资金管理部门多，加之部门之间难免存在不协调现象，重复申报项目，重争取项目，重项目申报，轻资金管理；财务核算不规范，尤其是在乡村一级，无会计帐薄，无专人核算，更无合法的原始凭证记载的“包包帐”较多；监督管理单位专项性的检查多，日常监督少，事后检查多，事前、事中检查少；专项资金管理办法规定的出台往往滞后，难以起到强化专项资金管理的作用。

　　（五）财政支农资金投入结构不合理。财政支农资金长期以来在计划经济体制下形成的投入方式，已不能适应市场经济条件下的农业、农村、农民发展要求，农业投入结构不合理的现象十分严重。从目前情况看，一是农产品流通领域和生产经营性项目占用支农资金数额较大，基础性设施、公益性建设投入较少；二是从每年财政决算数字来看，随着财政支农资金逐年上升，用于非生产性的农林水事业费支出比例也逐年上升，相反用于生产性的支出比例下降。非生产性的农林水事业费结构中人员机构费用飞速上升，业务费用增长缓慢，农业事业的发展普遍存在着资金短缺的矛盾。三是在资金安排上仍然存在“撒胡椒面”现象，大项目少，小项目多，项目分散，支农资金不能发挥应有的效益。

　　二、加强财政支农资金管理的建议

　　（一）科学合理界定支农专项资金范围。明确界定支农专项资金范围，不仅是核算问题，重要的是财政管理问题。只有统一口径，才能达到有效监督的目的。建议在农业、林业、水利和气象支出科目中，应根据资金性质，严格分清基本支出与支农专项支出的界限。财政基本支出是指按规定的定额确定的人员经费和日常公用经费，支农专项支出是除基本支出外的地方财政预算安排（包括预算内、预算外）、地方追加、上级拨入等都应作为支农专项资金管理。对支农专项资金进行科学合理的分类，既有利于用款单位的核算管理，也有利于财政、审计部门对支农专项资金的监督检查。