新企业所得税法的最大特点体现为“四个统一，一个过渡”，即内资、外资企业适用统一的企业所得税法，并将企业所得税税率由原33%、24%和15%统一确定为25%，统一税前扣除办法和标准，统一税收优惠政策，实行“产业优惠为主、区域优惠为辅”的新税收优惠体系；同时，对老企业规定一个五年的过渡期。根据《中华人民共和国企业所得税法》第二条规定，居民企业是指依法在中国境内成立，或者依照外国（地区）法律成立但实际管理机构在中国境内的企业。第十五条规定，除税收法律、行政法规另有规定外，居民企业以企业登记注册地为纳税地点；但登记注册地在境外的，以实际管理机构所在地为纳税地点。居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。与老企业所得税制相比，新企业所得税制的显著变化之一就是建立了法人所得税制，即以法人资格作为所得税纳税人的判别依据。实行法人所得税制的一个直接后果，就是作为统一法人的总分机构之间产生了跨地区税款转移。从税收征管体制和预算分配体制来看，这可能导致各地税源分布不均匀。

　　一、汇总纳税而形成的税源背离

　　当企业进行汇总纳税存在自身利益时，这种行为还会发生“变异”，尤其是在地方政府以“总部招商”的名义开出特别优惠的条件时，将制造中心、销售中心等收益合理的转入总部时，就将变成为“有利可图”的必然选择了。而类似的政策在现行地方政府制度建设中非常常见。例如，根据自身情况，为招商引资、发展总部经济而制定的差别性税收优惠政策；再比如，突破国家确定的特定行业和项目的规定，对各类企业均实施程度不同的税收返还以吸引总部企业。在实际操作中有的是根据出台的优惠政策进行返还，有的则是私下通过“谈判”方式进行不同程度返还，甚至通过设立“企业发展奖励基金”等形式进行变相税收返还，打政策“擦边球”进行暗箱操作。

　　分支机构可能会分走与其经营收入不匹配的税款，甚至会导致税收流失。比如某外商投资企业，其主要生产经营业务在福建，绝大部分经营所得也产生在福建。该企业在外省市设有一家分支机构，经营规模很小，目前处于亏损状态，而且尚处于企业所得税免税期。按照新办法第十九条规定：“总机构和分支机构应分期预缴的企业所得税，50%在各分支机构间分摊预缴，50%由总机构预缴。总机构预缴的部分，其中25%就地入库，25%预缴入中央国库”，假定该企业2009年计算的应纳税所得额为5000万元，虽然分支机构很小，但也要分走2500万元的应纳税所得额，总机构仅就剩余2500万元的应纳税所得额在福建纳税，按25%税率计算，缴纳企业所得税625万元。由于该企业在外省市仅有一家分支机构，其分走的2500万元的应纳税所得额应全部在当地预缴企业所得税。但分支机构处于免税期，其分走的2500万元应纳税所得额是否需要预缴企业所得税？如果需要预缴，按什么税率预缴呢？目前政策规定不明确。另一方面，分支机构分走2500万元的应纳税所得额与其经营收入明显不匹配，使总机构所在地利益受损。若是分支机构以处于免税期为由将分走的2500万元应纳税所得额不缴所得税，就会形成税收流失。当然，也许有人会说，总机构能根据新模式中政策规定避免上述情况出现。是的，《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》第10条有规定：总机构设立具有独立生产经营职能部门，且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。总机构把企业承担主要生产经营职能的部门独立出来与管理职能部门分开核算后，具有独立生产经营职能的部门作为一个分支机构，与设在外省市的分支机构共同承担50%的预缴税款，从而减小了外省市分支机构所占的比重。但实际情况是企业从自身利益出发，很可能不进行上述操作。同时，政策规定也只是“可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税”，“可将”并不是“必须”。那么，一定条件下税收流失就会成为现实。

　　二、汇总纳税新模式存在的主要问题

　　总分机构汇总纳税的新模式试图通过税款分配对跨省区的总分机构进行所得税管理，但作为一大新生事物还面临很多新情况、新问题，因税款预缴和汇算清缴是新模式的两大关键环节，进而所存在的问题突出表现在《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》上。

　　1、分支机构的认定问题

　　该办法第十条规定：总机构设立具有独立生产经营职能部门，且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。但实际运作中可能出现以下情形：总机构从地方经济利益出发，将不具有独立生产经营职能部门作为分支机构，在分支机构应分摊的所得税额中分一杯美羹，假若出现这种情况，作为总支机构主管税务机关也无可奈何。

　　2、征管信息不对等问题

　　分支机构主管税务机关和总机构主管税务机关了解信息的不对等性，致使我们对分支机构应分摊入库的所得税税款和计算分摊税款比例的指标进行查验核对时相当困难。该办法第三十八条规定：各分支机构主管税务机关应根据总机构主管税务机关反馈的《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》，对其主管分支机构应分摊入库的所得税税款和计算分摊税款比例的三项指标进行查验核对。发现计算分摊税款比例的三项指标有问题的，应及时将相关情况通报给总机构主管税务机关。现在的实际情况是作为分支机构主管税务机关，基本不可能掌握总机构的财务状况，对分支机构分摊的所得税额和分配比率、分配税额的查验核对无从下手。如果总机构有意隐瞒当期利润，将会使各分支机构减少预缴税款，相应增加总机构补缴税款。

　　三、解决汇总纳税新模式存在问题的建议

　　税收收入应遵循税收与税源相一致的原则，即谁提供税源，谁就应当参与税收分配。从表面上看，税收与税源背离问题影响了经济公平和社会公平，但深入分析，它对经济效率和社会效率同样产生重大影响，不利于区域经济协调发展，也不利于实现依法治税和规范税收秩序。因此，在发展总部经济的同时要注重税收与税源背离问题，应该合理地运用税收手段，保持竞争的公平性提升企业国际竞争力，尤其在企业所得税法的实施中，进行制度建设，缓解日益严重的税源背离状况。

　　1、完善与汇总纳税相适应的收入划分机制

　　进一步完善“就地预缴”方法，完善和健全《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》，增强可操作性，本着“便于计算、便于管理、便于信息反馈”的原则，按行业确定分支机构就地预缴比例。从长期看，在税制建设中必须要明确我国国内税收管辖权制度，尤其是确定国内税收管辖权原则。综观各税收条例的有关规定，可以看出，国内税收管辖权原则的运用尚未形成一种规范制度，只是散见于各税条例之中，并不统一。如何确立国内税收管辖权原则是一个有争议的问题。有人认为应根据不同税种确定，有的税采用属地原则，有的税采用属人原则。又有人认为，应根据纳税人是固定经营户还是非固定经营者来确定，前者采用属人原则，后者采用属地原则。一般而言，确立国内税收管辖权原则首先应考虑国际惯例并结合我国具体条件，建立收入来源地税收管辖权原则为主、居民税收管辖权原则为辅的国内税收管辖权制度。其优点在于有利于加强税收源泉控制，防止税收流失；有利于减少企业跨地区经营的阻力，促进统一市场的建立；有利于实现在同一经营上外地企业与本地同类企业之间的税负公平。

　　2、健全国内企业转移定价税制，监管企业“恶意背离”问题

　　为遏制地方政府任意提供财税优惠政策以及总企业通过关联交易转移税收和避税，应努力加强民主化的监督机制，将地方政府行为尤其是财政行为置于公众的监督之下。应继续清理整顿各地税收优惠政策，严格地方税收征管，减少由于各地征管力度不一造成的税负不公。上级税务部门和有关部门应协调地区间的税收利益，并加强地区间税收信息的沟通，国家、地方税务机关需全面、及时、准确地了解税源的地区间流动与分布情况，加强合作，共同预防和打击总部企业通过不当关联交易的非法避税。

　　3、强化税收监管，增强管理的严肃性，遏止“不正当竞争”的税源背离

　　加强对跨地区总分机构的企业所得税监管，对总机构年度汇算结束后，总机构的主管税务机关要向省级税务局内组建的跨地区总分机构的管理部门报告总分机构汇算情况，并由省级税务局管理部门通报给各分支机构所在地主管税务机关。对未纳入年度汇算纳税的分支机构一律按其应纳税所得额就地补缴税款。与此对应，应该对地方政府的税收政策制定权限加以更加严格的限制，防止地方税收优惠的滥用。

　　4、明确征管责权，规范业务程序

　　明确总机构、分支机构税务机关管理职责及权限，在汇总纳税新模式条件下分支机构主管税务机关的主要任务是核实分支机构是否按照总机构提供的分配比例缴纳税款，管理工作比较简单，而总机构主管税务机关要对跨省市分支机构进行管理，工作难度非常大，成本非常高。建议明确并扩大分支机构主管税务机关的管理职权，提高税收征管工作的积极性，以便更好地和总机构主管税务机关共同搞好总分机构的所得税管理工作。