个人帐户医疗基金结余是指个人医疗基金全部收入与全部支出相抵后的滚存结余。为了反映个人帐户医疗基金的收支结余情况，会计核算上，应设置“个人帐户医疗基金”科目。期末结转个人帐户医疗基金收入时，借记“个人帐户医疗基金收入”科目，贷记“个人帐户医疗基金”科目；期末结转个人帐户医疗基金支出时，借记“个人帐户医疗基金”科目，贷记“个人帐户医疗基金支出”科目。
例1：年末，某社会医疗保险机构将“个人帐户医疗基金收入”科目贷方余额70000000元转入“个人帐户医疗基金”科目。其中，医疗保险费收入69600000元，转移收入40000元，利息收入360000元，作会计分录如下：
借：个人帐户医疗基金收入——医疗保险费收入69600000
——转移收入40000
——利息收入360000
贷：个人帐户医疗基金70000000
例2：年末，某社会医疗保险机构将“个人帐户医疗基金支出”科目借方余额60000000元转入“个人帐户医疗基金”科目，其中，医疗费支出59950000元，转移支出50000元。作如下会计分录：
借：个人帐户医疗基金60000000
贷：个人帐户医疗基金支出——个人帐户医疗费支出59950000
——转移支出50000
