如果被兼并企业丧失了法人资格，兼并企业应将其转让的资产、负债等纳入本企业帐内，统一进行核算。企业应做好资产验收、核实债权、债务工作，并及时组织入帐。
1.采取有偿方式兼并的，按被兼并企业资产、负债的帐面价值记帐。因为被兼并企业在产权转让前进行了财产清查、资产评估，并得到了国有资产管理部门的确认，评估后的资产价值作为产权转让的底价，并按其调整了资产的帐面价值，这就为兼并企业提供了记帐依据。兼并企业一般应以被兼并企业提供的结束旧帐前的科目余额表，登记入帐。进行帐务处理时，按资产的帐面价值，借记所有资产科目，按成交价高于评估确认的净资产的差额，借记“无形资产——商誉”科目，按负债的帐面价值，贷记所有负债科目，按确定的成交价，贷记“专项应付款——应付兼并企业款”科目。
2.采取无偿划转方式兼并的，按各项资产、负债评估确认的价值，借记所有资产科目，贷记所有负债科目，两者之间如有差额，贷记“实收资本”科目。
3.商誉的核算。在企业兼并时，产权转让成交价往往与企业的净资产不一致，其差额按照规定可由兼并企业作为商誉入帐。一家企业因所处的地理位置优越，或由于信誉良好而获得了客户的信任，或由于经营管理人员能力超群，或由于历史悠久，积累了丰富的从事本行业的经验，或由于技术先进，掌握了生产的诀窍等原因，均会形成商誉。商誉的实质在于，它是一家企业的盈利能力超过了本行业平均获利水平或正常投资回报率。商誉是一种不可辨认的无形资产，不能独立于企业存在，也不能单独出售。由于商誉的价值存在着许多不确定性，它难以确切计量，在会计上，往往以产权转让价格减去被兼并企业净资产的差额确认为商誉的价值。目前，我国对于商誉的会计处理方法，实际上是采用将其单独确认为一项资产，将兼并成交价高于评估确认的被兼并企业净资产的数额，作为商誉，确认为无形资产，并在规定的年限内分期摊销。
4.负商誉的核算。在少数情况下，兼并时所取得的净资产价值会超过支付的产权转让价格，这就是负商誉。负商誉的存在可能由于被并企业还有一些账面上未能反映的不确定因素，这些因素影响企业将来的经营活动，导致以后各期利润的下降。
在国际会计核算的惯例上，对合并产生的负商誉，有三种处理方法：
一是将负商誉作为递延收益处理，并在确定的期限内按系统的方法确认为收益。其理由是，负商誉的产生是在预期内被合并企业由于其劣势而可能发生未来亏损或利润不足，但它们又不能归咎于任何可辨认的资产和负债。
二是将净资产公允价值超过合并成本的差额分摊到除长期有价证券之外的非货币资产，如果这些非流动资产已降低到零值，则未分摊的差额，再按第一种方法处理。其理由是，购买成本主要是按照被合并企业中存在的可辨认资产和负债来确定的，除长期有价证券以外的非货币性资产，其公允价值通常难以确定，很有可能是其公允价值高估了，而实际上并不是什么商誉；另外，由于流动资产、负债和长期有价证券的公允价值一般容易确定，其公允价值发生的可能性要少于实际存在负商誉的可能性。
三是将净资产公允价值超过合并成本的差额作为购买方权益的增加。其理由是，购买人负商誉产生的特定原因是不可能确定的，因而，找不到根据来减记一项资产的价值或者作为递延收益记录为一项负债。
由于目前我国对负商誉的有关问题，没有作出明确的规定，因此，对负商誉的核算，没有作相应的会计处理。虽然如此，实际上企业在兼并时，还有另一种潜在的负债存在。例如，被兼并企业大量的退休人员以及数额庞大的退休费支出，按照现行的会计制度，帐上未反映为负债，而是在实际支出时计入管理费用。这类因素使兼并后各期的利润减少，实施兼并的企业会要求以低于净资产公众价值的代价合并。
5.支付产权转让价款的核算。按照规定兼并企业支付产权转让价款时，借记“专项应付款——应付兼并企业款”科目，贷记“银行存款”科目。
