目前，行政事业单位行政事业性收费已经实行“票款分离”，而现行行政事业单位会计制度对这项新的业务处理尚未做出规定。制定出一整套科学合理的账务处理办法势在必行
执收单位根据不同的具体收费情况的账务处理
第一种情况：执收单位收费时，使用代收代缴（包括：定额和专用）收费票据，按规定日期和金额汇总填制《省行政事业性收费缴款书》（第一联：付款银行付出凭证，第二联：收款银行收入凭证，第三联：收款单位开户银行盖章后退回收入机关，第四联：银行盖章后，退缴款单位用作报销凭证，第五联：银行盖章后，退缴款单位转执收单位，第六联：执收单位留存）（以下简称“缴款书”）2—6联（这时执收单位又是缴款单位），将《缴款书》2—5联送到预算外资金管理局指定的银行收款处，银行收款处留下2—3联，将4、5联盖章后退给执收单位。执收单位将《缴款书》第4联和代收代缴（包括：定额和专用）票据第3联按规范顺序装订在一起，然后凭《缴款书》第5联编制记账凭证。
第二种情况：执收单位收费时，收到异地交费单位转账支票转款时，首先应将款项转到本执收单位支出账户上，当收到款项后，开给交费单位代收代缴票据并编制记账凭证，借：银行存款 贷：暂存款，同时填制《缴款书》1—6联，将《缴款书》1—5联送到指定银行收款处，银行退回第4、5联。执收单位将《缴款书》第4联与代收代缴票据第三联装在一起，凭第5联编制记账凭证。
第三种情况：执收单位收费时，直接开给交费人《缴款书》2—6联，收到交费人退回《缴款书》第5联时编制记账凭证。
总之，不管以上哪一种情况。执收单位在收到交费人退回《缴款书》第5联时编制记账凭证（如学校日收费金额大、份数多可汇总），其账务处理为：
一是登记“财政专户存款”辅助账目借方，二是登记“多栏式收入”辅助明细账目贷方。
执收单位收到财政部门核拨预外资金拨款通知时，凭拨款通知，编制记账凭证，其账务处理
一是编制记账凭证，借：银行存款—支出户，贷：事业收入—核拨预外收入；二是登记“财政专户存款”辅助账目贷方。
执收单位收到预外局代扣“两金”收据时，编制记账凭证，其账务处理
一是登记“上交上级支出”辅助账目借方，二是登记“财政专户存款”辅助账目贷方。
学生要求退学费时，当收到财政部门核拨预外拨款通知时，编制记账凭证，其账务处理
一是编制记账凭证，借：银行存款 贷：事业收入；二是编制记账凭证，借：事业支出；贷：现金；三是登记“财政专户存款”辅助账目贷方，“多栏式收入”辅助明细账目借方。
执收单位应设置的辅助账目
行政事业单位行政事业性收费实行“票款分离”后，要求执收单位应设置：“财政专户存款”、“多栏式收入”、“上交上级支出”辅助账目。
注：1.“财政专户存款”辅助账目。
借方金额：反映执收单位已上缴财政专户数额；
贷方金额：反映财政已返拨执收单位数额、退费数额和上交“两金”数额。
余额（借方）：反映执收单位现存财政专户数额。
2.“多栏式收入”辅助明细账目
贷方金额：反映执收单位上缴财政专户各收费项目收入明细数额。
借方金额：反映执收单位退学生学费数额。
3.“上交上级支出”辅助账目
借方金额：反映执收单位实际上缴“两金”数额。
