企业购进商品在运输途中发生的短缺或溢余，应分别按不同情况进行处理。发生的溢余按不含税的价款贷记“待处理财产损溢”账户，查明原因后进行转销，即待处理财产溢余一般不考虑增值税的问题。如果属于商品的自然升溢，应转人“营业外收入”账户；如果属于供货单位多发货，经双方协商，同意补作购人商品，则应补付价款和税款，取得对方补开的增值税专用发票后，作商品购人的账务处理。企业购进的商品发生的毁损或短缺，应按不含税价款和相应的进项税额借记“待处理财产损溢”账户，同时将相应的进项税额转出，查明原因后进行转销。如果属于合理损耗，应计入当期损益，按实际损耗数扣除相应的增值税额，借记“经营费用”账户，红字冲销原已转出的进项税额，贷记“应交税金—应交增值税（进项税额转出）”账户（红字），同时贷记“待处理财产损溢”账户；如果属于应由供货单位、运输单位、保险公司或其他过失人负责赔偿的损失，应借记“应收账款”、“其他应收款”等账户，贷记“待处理财产损溢”账户。如果属于自然灾害的损失，应按扣除残料价值和保险公司赔偿后的净损失，借记“营业外支出”账户，贷记“待处理财产损溢”账户；如果属于无法收回的其他损失，报经批准后列作当期损益，借记“经营费用”账户，贷记“待处理财产损溢”账户。
例如，红星公司2004年2月1日购进电视机20台，取得对方开具的增值税专用发票上注明的价款40 000元，税额为6 800元，对方代垫运费2000元，并取得承运部门开具的普通运费发票一张，款项已由银行存款支付。2月16日电视机验收人库时，发现电视机毁损4 000元，经查属于运输部门的责任。应由运输部门赔偿。则红星公司会计处理如下：
（1）购进商品，支付货款及代垫运费时：
借：物资采购 40 000
经营费用 1 860
应交税金——应交增值税（进项税额） 6 940
贷：银行存款 48 800
（2）商品验收入库时：
借：库存商品 36 000
贷：物资采购 36 000
借：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢 4 680
贷：物资采购 4 000
应交税金——应交增值税（进项税额转出） 680
（3）查明原因结转损失时：
借：其他应收款 4 680
贷：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢 4 680