资本公积通常是指投资者或者他人投入到企业、所有权归属于投资者并且投入金额超过法定资本部分的资金。在不同的会计与税法规定下，资本公积中的一些项目存在差异，实际工作中还有些企业故意利用该账户进行违规的会计处理，因此，在对资本公积进行检查时，应注意以下方面：
一、因债务重组产生的收益是否按规定调增应纳税所得额
会计制度及相关准则规定，企业在债务重组日进行会计处理时，无论是债权人还是债务人，均不确认债务重组收益；《企业债务重组业务所得税处理办法》（国家税务总局令第6号，以下简称《办法》）规定，几种债务重组方式下，均要确认债务重组所得或损失、资产转让所得或损失，计入当期应纳税所得额。
例1.2003年5月16日，A企业（股份有限公司）向B企业购买原材料，货款300000元，增值税税款51000元，A、B企业均为增值税一般纳税人。后由于A企业遭受重大自然灾害，不能按合同规定支付货款。经协商，2004年5月28日，B企业同意A企业支付251000元款项（含增值税），余款不再偿还，A企业次日支付了款项。A企业债务重组日的账务处理为：
借：应付账款-B企业 351000
贷：银行存款 251000
资本公积-其他资本公积100000.
而A企业年终进行企业所得税汇算时，并未将该笔债务重组所得按照《办法》规定调增应纳税所得额。因此，纳税检查时应注意债务人的债务重组所得或资产转让所得是否调增了当期应纳税所得额，调整数额是否正确。
值得一提的是，多数债务重组方式下，如债务人以低于债务账面价值的现金清偿债务，以非现金资产中的原材料、库存商品、固定资产、无形资产抵偿债务和修改其他债务条件等，债务人按照会计制度及相关准则规定计入资本公积的数额与按照税法规定计算应调增的应纳税所得额是一致的。但是，如果采取债务转为资本或以非现金资产中的有价证券清偿债务时，两种口径下的计算结果不同，应按税法规定计算调整应纳税所得额。
二、接受捐赠的资产价值是否在扣除应缴纳的所得税后计入资本公积
企业接受捐赠的资产包括货币性资产和非货币性资产，其入账价值在相关会计和税法规定下有所区别：如接受捐赠的资产为货币性资产，则两者均指实际收到的金额；如为非货币性资产，前者包括接受捐赠非货币性资产的价值（不含可抵扣的增值税进项税额）和因接受捐赠另外支付的构成受赠资产成本的相关税费；后者指应计入应纳税所得额的接受捐赠非货币性资产的价值和由捐赠企业代为支付的增值税进项税额，不含由受赠企业另外支付或应付的相关税费。
检查时要注意受赠企业对接受捐赠的资产，是否按税法规定确定的入账价值调增应纳税所得额，并按扣除应缴纳的所得税后的数额从“待转资产价值”转入“资本公积”。
例2：丙公司和丁公司均为增值税一般纳税人，丙公司2003年10月取得丁公司捐赠的原材料一批，丁公司开具的增值税专用发票上注明金额300000元，税额51000元，丙公司为该批原材料用银行存款支付了1000元运杂费，原材料已验收入库。
丙公司取得该批捐赠的原材料时作账务处理：
借：原材料 301000
应交税金-应交增值税（进项税额） 51000
贷：待转资产价值-接受捐赠非货币性资产价值 351000
银行存款 1000
期末结转“待转资产价值”时，作如下会计处理（丙公司无当年和以前年度未弥补亏损）：借：待转资产价值-接受捐赠非货币性资产价值351000贷：资本公积-接受捐赠非现金资产准备351000.丙公司年终进行企业所得税汇算时，并未按照规定调增应纳税所得额351000元，少计提企业所得税115830元（351000×33%）。正确的会计处理为：
借：待转资产价值-接受捐赠非货币性资产价值 351000
贷：应交税金-应交所得税 115830
资本公积-接受捐赠非现金资产准备 235170
三、确实无法支付的应付款项是否按规定调增应纳税所得额
纳税人因债权人的缘故确实无法支付的应付款项，按照会计制度及相关准则的规定，应直接转入“资本公积-其他资本公积”，不计入损益，而按照相关税法规定，则应计入企业所得税收入总额中的其他收入。因此检查时，对企业确实无法支付的应付款除注意其有无长期挂账外，还应注意企业是否在会计核算的利润总额基础上调增了应纳税所得额。
此外，对资本公积检查时还应注意企业有无将不应记入资本公积的项目，如将应记入当期损益的待处理财产盘盈、对外投资收益、收回以前年度已核销的坏账损失等记入资本公积。
