国家针对福利企业和残疾人这一特殊群体，制定了一系列减免退等税收优惠政策，实践证明，此举对保障残疾职工的就业和生活起到了积极作用。但随着经济的不断发展，福利企业改革的不断深化，审计情况也表明，在税收优惠政策的执行与落实、福利企业管理等方面存在的问题已十分突出，最终反映出现行福利企业税收优惠政策存在着严重缺陷和滞后，亟需完善和改进。
福利企业税收优惠政策执行中存在的问题
1.税收优惠政策受益面过窄。审计调查反映，至2004年底某地持有残疾证的残疾人149163名，而全市568家社会福利企业集中安置的残疾人19266人，集中安置数仅占残疾人总数的12.92%，近87%的残疾人通过政府或社会进行救济。
2.税收优惠政策未能体现多安置多优惠的原则。现行税收政策规定，安置“四残”人员超过生产人员总数的35%和50%，可分别享受所得税和增值税退税。以安置比例为标准来界定所得税和增值税退税与否，不尽公平合理，会产生安置“四残”人员多反而不能享受税收优惠的矛盾现象。
3.税收优惠政策成本过高，残疾人得到的实惠较少。2004年该市568家社会福利企业共享受增值税、所得税优惠115623.88万元，其中，残疾人职工工资性收入为18561.96万元，人均年收入0.96万元，用于残疾人职工支出数仅占所退税款的16.05%，另外超过80%的退税额被私营企业主占有。
4.税收优惠政策难于执行到位。审计情况反映，一是部分区、县（市）税务部门未按规定即征即退，视税收任务完成情况办理退税，存在不及时，甚至截留的情况。二是减免税额集中提留使用与现行国家政策不符。如部分区、县（市）福利企业按减免税总额的15至25%上交所在政府部门。
5.税收优惠政策的退税程序不正常，存在中介机构强制代理的现象，且收费超标。某税务师事务所有限公司代理审核某医光器械总厂2003年223.32万元增值税退税业务时，收取审核费21万元，超出该省物价局《关于税务师事务所服务收费问题的通知》、《关于规范税务代理服务收费标准的通知》中规定标准的11倍，类似情况在其他地方不同程度的存在。
6.福利企业发展不平衡，存在较大异差。审计情况表明，经济发达地区的福利企业发展越来越快，规模越来越大，而最需要扶持的落后地区福利企业却步履艰难。
改善和完善福利企业税收优惠政策的几点建议
一、及时调整和完善现行福利企业税收优惠政策，充分发挥减免税金的杠杆和引导作用，保障残疾人合法权益。
1.放宽对投资主体的限制。事实证明，社会福利企业要真正发展，不能靠政府直接去办，通过改制、走向市场是关键，引入社会资本是必然之路。
2.改变当前单一以安置残疾人是否达到规定比例作为减免税依据的办法。可采取安置一个残疾人所需的费用，由国家在税收中返还并给予适当补贴的办法，或以人均一定的减免税为基础，超额累进递减的办法。
3.建立残疾人保障基金。在严禁地方各级政府和部门截留、挪用减免税金的情况下，可集中提留一部分减免税金，专户储存，专项用于扶持社会福利企业、支持社会福利事业及残疾人保障。
二、加强部门间信息沟通和协调。在实际工作中，残疾人残情鉴定由医院和医生负责，残疾人证书由残联颁发，残疾人上岗证和福利企业证书由民政部门认定和发放。因此，福利企业税收优惠政策执行涉及民政、残联、卫生和税务多个部门，各部门相互之间只有协调联动、分工负责、互通情况、信息共享、密切配合，才能杜绝当前社会福利企业弄虚作假、骗取税款的行为。当务之急，应加强对残疾人鉴定的管理，尤其要对医院和医生的资质、相应职责作出明确规定，从源头上加以控制。
三、加大对福利企业的监管力度。一是严格福利企业的审批，严格掌握新办、转办社会福利企业条件。还应进一步规范年检年审工作，认真清理整顿假冒福利企业，依法打击弄虚作假、骗取税收优惠的不法行为。二是坚持日常管理与重点抽查相结合，对符合标准的企业，应及时办理退税手续，对屡查屡犯违法骗取税收优惠的企业应坚决予以清理。三是加强对企业的税法宣传和纳税辅导，提高社会福利企业的守法纳税意识。
