根据现行税法规定，商品流通企业（批发、零售）购进货物（包括外购货物所支付的运输费用），必须在购进的货物付款后才能申报抵扣进项税额。尚未付款或尚未开出承兑商业汇票的，其进项税额不得作为当期进项税额予以抵扣。为了正确确认每期可抵扣的进项税 额，商品流通企业同样可在“待摊费用”账户下增设“待抵扣进项税额”明细账户（也可在“应交增值税”二级账户中增设“待扣税金”明细账 户，或增设“待扣税金”总账账户，待付款后再转至“进项税额”二级账户）。
（1）商品批发企业进项税额的核算。
商品批发企业增值税进项税额的会计核算，主要涉及“物资采购”、“库存商品”、“应交税金——应交增值税（进项税额）”等账户。购入商品在货款结算时，按购买价格借记“物资采购”账户；按专用发票上注明的增值税额，借记“应交税金——应交增值税（进项税额）”账户；按购买价格与应纳增值税额之和，贷记“应付账款”、“应付票据”、“银行存款”等账户；商品验收入库时，借记“库存商 品”账户，贷记“物资采购”或“在途商品”账户。商品流通企业发生的进货运费，记入“营业费用”账户。
例1：红星商业批发公司1月份购入甲商品一批，取得的专用发票上注明的价款200000元，增值税款34000元。另支付运杂费1200元（其中运费1000元，装卸费200元），已取得合法的运费结算单据。商品已验收入库，款项均以银行转账支票付讫。则其会计处理如下：
支付货款时：
借：物资采购 200000
应交税金——应交增值税（进项税额） 34000
贷：银行存款 234000
支付运杂费时：
借：营业费用 1130
应交税金——应交增值税（进项税额） 70
贷：银行存款、 1200
商品验收入库时：
借：库存商品——甲商品 200000
贷：物资采购 200000
例2：红星商业批发公司1月份购入乙商品一批，取得的专用发票上注明的价款100000元，增值税款17000元。商品已验收入 库，款项按协议于2月份支付。则其会计处理如下：
商品购入时：
借：物资采购 100000
待摊费用——待抵扣进项税额 17000
贷：应付账款 117000
购入商品验收入库时：
借：库存商品 100000
贷：物资采购 100000
支付货款时：
借：应付账款 117000
贷：银行存款 117000
同时确认可抵扣的进项税额：
借：应交税金——应交增值税（进项税额） 17000
贷：待摊费用——待抵扣进项税额 17000
（2）商品零售企业进项税额的核算。
商品零售企业与商品批发企业一样，也需要设置“物资采购”和“库存商品”账户，但在商品验收入库时账务处理不完全相同。商品零售企业根据售价金额核算、实物负责制的传统做法，在商品验收入库时，按商品的含增值税的售价金额，借记“库存商品”账户 ；按商品的不含增值税的进价金额，贷记“物资采购”账户；按商品的含税零售价大于不含税进价的差额，贷记“商品进销差价”账户。
商品零售企业也需设置“应交税金——应交增值税（进项税额）”和“应交税金——应交增值税（进项税额转出）”账户，其核算内容和方法与商品批发企业相同。
例：天益百货公司1月份购入丙商品一批，取得的专用发票上注明的价款80000元，增值税款13600元。商品已验收入库，款项以银行转账支票付讫。该批商品含税零售价为110000元。则其会计处理如下：
支付货款时：
借：物资采购 80000
应交税金——应交增值税（进项税额） 13600
贷：银行存款 93600
商品验收入库时：
借：库存商品——丙商品 110000
贷：物资采购 80000
商品进销差价 30000