我国目前已经建立了基本和补充社会保险以及住房公积金制度。各项基本和补充社会保险以及住房公积金先后都已出台了具体的会计和税务处理办法，但补充住房公积金的处理一直没有明确。以下笔者结合实务中的一些做法和有关文件规定，对其会计和税务处理作一分析。
会计处理
会计实务中主要有以下两种意见：
1.参照《关于企业住房制度改革中有关财务处理问题的通知》和《企业住房制度改革中有关会计处理问题的规定》两个文件对住房公积金会计处理的规定，将单位负担的补充住房公积金记入“管理费用”。
2.参照补充养老保险和补充医疗保险的会计处理，首先计入“应付福利费”，应付福利费不足列支部分再计入成本（费用）。根据《财政部关于企业为职工购买保险有关财务处理问题的通知》，补充医疗保险和非试点地区企业缴纳的补充养老保险，所需费用在工资总额4%以内的部分，从应付福利费中列支，应付福利费不足部分作为劳动保险费直接列入成本（费用）。试点地区企业提取额在工资总额4%以内的补充养老保险直接作为劳动保险费列入成本（费用）。
笔者意见更倾向于第一种做法，即单位负担的补充住房公积金应直接作为劳动保险费列入成本（费用）。其理由是，实际中补充住房公积金的计提比例一般不但远高于工资总额的4%，一些单位甚至远高于应付福利费的计提比例14%，而目前已明确在“应付福利费”中列支的基本和补充医疗保险、补充养老保险的比例之和就已几乎达到工资总额的14%，且“应付福利费”还有其他支付内容，如果再列支补充住房公积金，必将使“应付福利费”形成巨额的赤字。在各项补充保险从“应付福利费”列支但不得使“应付福利费”发生赤字的前提下，要求补充住房公积金也在“应付福利费”中列支显然是不现实的。
那么如何将单位负担的补充住房公积金作为劳动保险费列入成本（费用）呢？实务中也存在着不同的理解。一种意见认为，应当根据员工所在部门的不同，将其分别计入产品成本和期间费用；另一种意见认为，应当全部作为期间费用计入当期损益。笔者意见更倾向于后者：首先，补充住房公积金是按工资总额的一定比例计提的，其本身并非工资总额的构成部分；其次，产品成本项目中的人工费用一般只包括企业向职工支付的工资和按工资总额计提的应付福利费，而补充住房公积金是企业缴纳的一项费用，与企业向职工支付的人工费用显然是不同的；此外，如果将补充住房公积金计入有关资产的成本，在期末有关存货尚未销售或者固定资产尚未处置时，还会虚增期末相关资产成本和当期利润，这不符合会计核算的谨慎性原则。基于此，笔者以为，企业缴纳的补充住房公积金应全部作为期间费用计入当期损益。
当然，根据新会计准则，企业为职工缴纳的各项社会保险费和住房公积金，应按职工薪酬处理，并根据职工提供服务的受益对象，分别计入有关资产成本和当期费用。但由于新准则只是从2007年开始在上市公司施行，因此作为非上市公司的企业发生的补充住房公积金，还是应该按以上所述进行会计处理。
企业所得税处理
根据国家规定按工资总额一定比例为职工缴纳的住房公积金，可在税前扣除；超过规定标准缴纳或发放的住房公积金等，一律作为工资、薪金支出，超过计税工资标准的部分，不得在税前扣除。实际上有能力建立补充住房公积金的单位，其缴纳的基本住房公积金往往都已达到甚至超过了国家规定的标准，所以其为职工缴纳的补充住房公积金一般都应按工资、薪金支出处理。如果是外资企业，当然可以全额扣除；如果是内资企业，由于目前存在多种不同的工资、薪金税前扣除形式，如有的实行限额扣除，有的按工效挂钩办法扣除，而符合条件的软件企业等又可全额扣除。因此内资企业补充住房公积金的税前扣除，应考虑企业工资、薪金的税前扣除形式以及包括补充住房公积金的工资、薪金是否超过了有关标准，分别作不同的处理。
个人所得税处理
新修订的《个人所得税法》及其实施条例和《关于基本养老保险费基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金有关个人所得税政策的通知》中，并未提及补充住房公积金的处理。但对可在个人所得税前扣除的住房公积金的计提基数和比例都作了明确的规定，计提基数为不超过职工所在城市上一年度月平均工资的3倍，计提比例为12%以内。单位和个人超过上述规定比例和标准缴付的住房公积金，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。据此，如果补充住房公积金与基本住房公积金之和超过了上述标准，则应作为个人工资、薪金所得计征个人所得税。