当前，我国农户手中一般没有从税务机关获得的销售发票，也无法向农产品收购企业提供销售发票，农产品收购的普遍做法是农产品加工企业从税务机关领取农产品收购专用发票，按收购数量和金额自开发票入账。这种做法虽然简便，但也存在着先天不足和漏洞。
一、农产品收购加工企业利用多开农产品收购发票获得非法的收益。
1、增值税进项税额一般是以农产品收购发票金额的10％计算，多开收购发票或发票金额，就可以多计算增值税进项税额，以至达到少交或不交增值税的目的。有加工出口权的企业，多开收购发票，不仅可以少交增值税，还能多享受国家的出口退税，事实上给国家造成了不小的税收损失。
2、多开收购发票或发票金额可以增加企业的成本和费用，达到少计算利润、少交所得税的目的。因多开收购发票，必须冲销这些多出来的材料成本，在计算结转生产成本、产成品成本、销售成本时必然造成成本核算上的虚增，结果利润被人为地减少了。
3、因多开收购发票，必然造成企业现金的减少，这部份现金到哪里去了？自然是到了企业负责人或收购人的腰包里去了，看看：个人所得税也不用交了。再用这些钱给职工发发福利，谁还会检举揭发自已的老板呢？
二、堵住税收征管上的漏洞，减少国家税收损失根据当前情况看，要想完全杜绝此类事情的发生，困难是比较大的，能够采取的有效监管措施是有限的。
1、由农户开票，农户销售自产农产品时，由企业或农户到当地税务机关申请，由当地税务机关开票。以前部份地区也规定过这种做法，但效果不明显。这样做一方面增加了税收成本，加大了税务人员的核实责任，另一方面，难以保证税务人员不会和收购企业串通一气，也不能避免税务人员故意和农户、收购企业过不去，结果最终是农户的利益受损，农业发展受到影响。这种做法事实上已经放弃了。
2、加强会计核算，加强存货仓储管理，收购要提供入库单，发出要提供出库单。但是，如果企业购货、仓库、生产、财务几方联手操作，通过票转的方法，除非有内部人员揭发，一般可以避免检查人员发现其中存在的问题。
3、通过对企业生产流程进行监控，或对比同行的利润率、全国农产品价格，反计算出企业的购销存情况，也可以大体测算出企业收购农产品的数量和金额。但这种做法要配备专门人才，无形中增加了税收征收成本，而且农产品保质期较短，在使用中损耗较大，也无法精确计量出企业存货的真实情况。
4、对农产品收购，目前可以采取的做法是加强企业信用管理和加大处罚力度。
企业应在农产品收购发票上注明农户的姓名、身份证号码、联系地址、联系方式。这几项内容不全的发票不得入账，不得计算抵扣增值税。这种要求一是要求企业根据真实的业务进行会计核算，二是为税务稽查提供便利，各地税务部门可以通过相互协查的方式掌握企业的购销状况和信用程度。
同时，加大处罚力度。通过各地税务部门的协查，发现企业有虚开收购发票行为的，一是收缴企业剩余的农产品收购发票，不再发放农产品收购发票，二是当年企业的收购发票均视为无效发票，不得计算进项税额抵扣增值税，在计算应纳税所得额时进行纳税调整。这样在处理一两家企业之后，让所有企业都意识至虚开发票的严重后果。
在一些企业每年的年度审计报告中，注册会计师一般都对农产品收购加工企业的存货提出了保留意见，存货税收管理上的漏洞已经给国家造成了相当大的损失，正视这些问题，找到合理合法的措施已经成为当务之急。
