2002年以前，事业单位专项资金的来源有两个：一是财政部门、上级单位或其他单位拨入的有指定用途，并需要单独报账的专项资金，主要是基建项目经费、大型修缮项目经费等；二是财政按照核定的预算拨入的专项资金，主要是购房补贴、提租补贴和住房公积金等。按照《事业单位会计制度》（自1998年1月1日起执行）规定，上述专项资金分别以“拨入专款”和“财政补助收入”形式反映。事业单位收到拨款时，按资金来源借记“银行存款”科目，贷记“拨入专款”、“财政补助收入”科目；发生支出时，按资金占用借记“专款支出”、“事业支出”科目，贷记“银行存款”等科目；年终结账时，对已完工的基建、大型修缮项目，将“拨入专款”与“专款支出”科目对冲，完工项目如有余额要按拨款单位规定办理，或上缴或转入单位事业基金——一般基金，但对未完工项目和财政补助收入专项结余年终如何进行账务处理并在年终决算报表的资产负债表中反映，会计制度尚无明确规定。
又因会计制度规定，“事业结余”科目年终应无余额，因此，有的单位在年终结账时，将专项资金结余转入“其他应付款”科目，在资产负债表的“其他应付款”项目反映；有的单位则将专项资金结余直接列入“事业结余”科目，在资产负债表的“其他净资产”项目反映。
这种做法造成决算报表统计口径不一致，也反映不出专项资金结余的性质。
财政预算体制改革后，部门预算项目逐步细化。2002年，财政部规定事业单位年度预算中的事业支出划分为基本支出和项目支出，其中项目支出结余可结转下年使用。同时，财政部下发通知要求事业单位修改事业支出核算内容，在“事业支出”科目下设置“基本支出”
和“项目支出”二级明细科目，并在二级明细科目下按“政府预算收支科目”中的“一般预算支出目级科目”设置三级明细科目，并进行明细核算。“基本支出”明细科目核算事业单位为保证其正常运转，完成日常工作任务所发生的支出：“项目支出”明细科目核算事业单位为完成其特定的事业发展目标所发生的支出。但新的核算方法并未明确项目支出经费收入等同于以前的拨入专款，新核算方法虽然明确了项目支出明细科目和结余的使用方法，但对于项目支出经费收入核算科目和年终结余科目及核算并未明确。事业单位在年终账务处理和报表编制方面仍存在以前出现的问题。
针对事业单位专项资金核算中存在的问题，笔者认为，事业单位的专项资金结余应属于净资产，应在“事业结余”科目核算。财政预算体制改革后，新核算方法规定的项目支出经费来源较之过去的专项资金来源范围广，既包括财政部门、上级单位或其他单位拨入的有指定用途，并需要单独报账的专项资金，也包括单位用于项目支出的自筹资金。因此，单位收到财政部门拨款时，借记“银行存款”科目，贷记“财政补助收入”科目；收到上级部门拨款时，借记“银行存款”科目，贷记“上级补助收入”科目；收到其他部门拨款时，借记“银行存款”科目，贷记“其他收入”科目；单位自筹资金安排的项目支出不需做账务处理，视同用单位事业收入安排，如事业收入不足，依次用其他收入和经营收入安排。
