为了便于查找和与账簿核对，记账凭证必须编号。编号时，可以根据记账凭证的数量，采用不同的方法。一般有三种方法：
（l）记账凭证数量比较少，采用通用凭证的，将全部记账凭证统一编号，即按填制凭证的时间顺序编号，每月从第一号凭证开始，至月末最后一张结束。
（2）采用多种凭证，货币资金收付业务比较均衡的：按收款凭证、付款凭证和转账凭证三类分别编号。每月从第1号凭证开始，例如，收字1号、付字1号、转字1号等等。
（3）采用多种凭证，货币资金收付业务比较繁多的：按现金 收款凭证、现金付款凭证、银行存款收款凭证、银行存款付款凭证和转账凭证五类分别编号。每月从第1号凭证开始，例如，现收1号、现付1号、银收1号、银付1号、转1号等等。
无论采用上述哪种方法，都要对记账凭证连续编号，不能跳号或重号。当一项经济业务需要填制两张以上的记账凭证时，要采用“分数编号法”。例如，一项转账业务，按业务排序为第5项，需要填制4张记账凭证，编号应为：转5 1／4号；转5 2/4号；转5 3／4号；转5 4/4号。
