按发行时所订条件清偿债券本金，解除企业债权人的义务。
债券的清偿可能在到期日，也可能是到期日之后或之前。偿还的方式有：到期一次直接偿还；提前从证券市场买回债券，予以注销；向债券持有人行使赎回权；分期分批偿还；举借新债偿还等。
（1）到期一次直接偿还债券：在债券整个偿还期内，溢价或折价都已全部摊销，因此，无论当初是按面值发行还是折价或溢价发行，应付的账面价值均等于面值，不会因偿付发生损益。这样，应付债券可按债券面值归还本金，并从账上注销。
（2）提前从证券市场买回债券：公开上市的债券，其市价随市场利率的升降而变动。债券市场的升降以及利率的增减变动，都为企业提供调度资金，获取利益的机会。例如，债券的市价下跌到一定的程序，若举债企业有足够的资金可供调度，则可从公开的证券市场上提前购回发行在外的债券予以注销，以减轻负债。如果提前偿还的债券不是规定的付息日，则必须将上个付息日至提前偿还的利息付清，并在注销债券的同时注销相关的未来摊销溢价、折价及债券发行成本。
（3）向债券持有人赎回债券：见词条债券赎回。
（4）分期分批偿还：指本金分成若干批次分期偿还，其偿还形式可根据债券发行时规定的办法进行，或采用分批抽签、或按债券号码的顺序的办法还本。在实务中，分期还本债券较多的是发行后若干年开始分期平均偿还本金。自发行日至第一次还一期间，企业每年只付息不还本，以后逐年还本付息。分期还本债券的票面利率与市场利率不相一致时，应将溢价或折价在债券流通期限内加以摊销。摊销可采用直线法或实际利息法。由于债券分期偿还还本额也不相等，因此，采用直线法时，必须考虑各项实际流通的债券余额。正是在这个意义上，直线法又称为“债券流通法”或“金额期间法”。一般一说，分期还本债券原则上应采用实际利率法摊销折（溢）价。即先按期初实际流通在外债券的账面价值（面值、加未摊销溢价或减未摊销折价）乘上实际利率算出每期利息费用以每期利息费用与各项实利率算出每期利息费用以每期利息费用与各期实付利息相比较，其差额即为该期应摊销的溢、折价。企业按规定提前分期偿还债券，解除企业的一部分债务，应在账上注销债券偿还部分的账面价值，同时一并转销期期未摊销的溢价、折价，以确认偿付债券损益。
（5）举借新债偿还旧债：企业举债经营若有利可图，而长期债券到期前已定下继续利用外借长期资金，则可以发行新债券，偿还旧债券。举借新债还旧债的具体方法，既可以是直接交换，即直接用新债券换回旧债券，也可以是用现金偿还，即以发行新债所筹集到的资金去还旧债。在清偿时间上，既可以在旧债到期时，也可以提前偿还。
