单位年度收入与支出相抵后的余额，数量上等于财政补助收入、上级补助收入、事业收入、附属单位缴款、经营收入、其他收入之和减去事业支出、对附属单位补助、上缴上级支出、经营支出及结转自筹基建之和。单位的结余分为事业结余和经营结余两部分，分别核算和管理。
事业结余 单位进行科学事业活动而发生的各项事业收入与各项支出相抵后的余额。单位计算事业结束余的收入包括：财政补助收入、上级补助收入、事业收入、附属单位缴款、其他收入。其中，事业收入包括：科研收入、技术收入、学术活动收入、科普活动收入、试制产品收入和预算外资金收入等。单位计算事业结余的支出包括：事业支出、结转自筹基建、对附属单位补助、上缴上级支出。单位事业结余的计算公式是：“事业结余=（财政补助收入+上级补助收入+事业收入+附属单位缴款+其他收入）-（事业支出+结转自筹基建+对附属单位补助+上缴上级支出）”。
其中：“事业收入=科研收入+技术收入+学术活动收入+科普活动收入+试制产品收入+预算外资金收入”。
经营结余 单位年度经营收入与经营支出相抵后的余额。单位计算经营结余的收入包括：产品（商品）销售收入、经营服务收入、工程承包收入、租赁收入、其他经营收入、单位计算经营结余的支出包括：产品（商品）销售成本、经营服务成本、工程承包成本、税金及附加、期间费用。其中，税金及附加是指由经营活动负担的产品（商品）销售税金及附加，以及经营服务、工程承包等活动负担的的税金及附加，包括营业税、城市维护建设税和教育费附加等。期间费用包括应由经营业务负担的管理费用和财务费用等。单位经营结余的计算方法是：“经营结余=经营收入-经营支出”。
结余分配 单位应按国家有关法律、规定进行结余的分配。结余分配时，需进行两项扣除：一是实行预算外资金结余上缴方法的预算外资金结余，二是专项资金结存。在做前两项调整后，形成可供分配结余。按照《科学事业单位财务制度》的规定，可供分配结余的分配顺序是：经营收支结余弥补以前年度经营亏损；主科技成果转化基金；计提职工福利基金；剩余结转入事业基金。当本年度出现收支差额时，除经营收支差额可留待以后年度由经营结余弥补外，其他收支差额应用以前年度的事业基金弥补。
