企业所得税减免税的会计处理，无论在理论界还是在会计实务操作中，都有不同的见解。（本文所称减免税，特指在税率、税基确定情况之下的税款减免，主要包括日常税收征管中的征前减免和各种退税，不包括税基优惠、税率优惠以及抵缴税款的会计处理。）
一、常用原则与方法
原则
目前，在理论界和实务界，一般将企业所得税科目作为费用科目对待，按照权责发生制原则进行确认和处理。
企业所得税减免税，由于不是在企业生产经营过程之中发生的，而且受到行政行为影响，处于企业（纳税人）可控范围之外，与企业一般经营行为性质不同，所以按照收付实现制原则核算。
方法
当前，关于企业所得税退税的会计处理，有两种不同观点。第一种观点认为实际收到的退税是企业当期所得税费用的减项因素，应冲减当期的所得税费用科目；第二种认为实际收到的退税并不是企业实际经营收益，而属于获得的纯利润，应当直接进入资本公积、盈余公积等科目。两者的共同点都在于坚持收付实现制，不同点在于收到退税款的性质认定。
这两种观点或失之于偏颇，或缺少基本的理论支持。
因为，盈余公积是企业税后利润分配过程中产生的，资本公积则有其特定的会计处理规定，将企业所得税退税所得跳过税后利润认定环节，直接进入利润分配环节，或者进入资本公积，显然不符合规定。
第一，企业所得税退税所得不能认定为税后利润，不能按照税后利润分配的办法处理。税后利润的认定有其严格的程序。退税所得不是企业直接生产经营结果，而是企业前期或者当期生产经营结果的延续反映，并且一旦获得退税就处于企业的实际控制之中，与税后利润有着本质区别。至于企业当期经营是否盈利，应当将企业生产经营状况与企业所得税退税结合起来衡量。
第二，企业所得税退税所得也不能全部认定为企业当期的所得税费用的减项因素。从企业所得税减免税政策制订角度和实际操作流程看，企业所得税减免税类型较多，程序各异。受到税收征管规程的制约，不同目的的减免税，实际操作流程不同，企业所得税退税款最终用途也不完全相同，企业实际获得的经济利益也不完全相同，具体会计处理不可能完全一致。
二、会计处理因情况而定
征前减免
征前减免就是在企业所得税征收入库之前即给与减免，企业无需实际缴纳税款。在此情况下，企业仍然需要计算应纳所得税，待税务机关审批之后再确认减免税。
企业在计算应纳所得税时，借记“所得税”，贷记“应交税金-企业所得税”；确认减免税时，借记“应交税金-企业所得税”，贷记“所得税”。
由于冲减了所得税费用科目，在期末结转账务的时候，相应增加了企业期末账面利润（然后按照规定进行分配）或者减少了账面亏损。
即征即退与先征后退
即征即退是指企业按照规定向税务机关申报纳税，税务机关按照规定为企业当场办理退税手续。先征后退是指企业按照规定申报缴纳所得税后税务机关再按照规定程序为企业办理减免。
企业在计算应纳所得税的时候，借记“所得税”，贷记“应交税金-企业所得税”；缴纳税款时，借记“应交税金-企业所得税”，贷记“现金”或者“银行存款”科目；确认减免税收到退税款时，借记“银行存款”，贷记“所得税”。
由于冲减了所得税费用科目，在期末结转账务的时候，相应增加了企业期末账面利润（然后按照规定进行分配）或者减少了账面亏损，对企业税后利润产生了影响。
有指定用途的退税
有些情况下，企业所得税退税款有其指定的用途，企业并不能全额获得退税款。其常见情形如下。
1、所得税退税款作为国家投资，形成专门的国家资本。收到退税时，借记“银行存款”科目，贷记“实收资本-国家资本金”科目。
2、所得税退税款作为国家对所有投资人的赠与，用于企业发展再生产。收到退税时，借记“银行存款”科目，贷记“资本公积——他资本公积”科目。
3、所得税退税款作为专项用于某个项目、设备、特定人群的资金。收到退税时，借记“银行存款”科目，贷记“其他应交款——××部门”、“其他应付款——××项目”科目。使用的时候，借记“其他应付款——××项目”科目，贷记“银行存款”、“现金”科目。
上述1－3项退税均没有对企业税后利润产生影响。
4、所得税退税款部分用于企业的发展、部分按照规定上交有关部门。收到退税时，借记“银行存款”科目，按照金额分别贷记“资本公积——其他资本公积”、“其他应交款——××部门”。使用的时候，分别借记“其他应付款——××部门”科目，贷记“银行存款”、“现金”科目。