公司治理状况、管理人员的非市场化以及利益冲突，决定了国有控股上市公司股权激励的复杂性。《国有控股上市公司（境内）实施股权激励试行办法》（下称《办法》）正式颁布。对国有控股上市公司的界定，是指政府或国有企业（单位）拥有50％以上股本或实际控制权，以及持有股本的比例虽然不足50％，但依其持有的股份所享有的表决权已足以对股东大会的决议产生重大影响的上市公司。国资委对实际控制权的解释是，能够支配一个企业的财务和经营政策，并以此从企业经营活动中获取利益的权利。
国有控股上市公司股权激励问题之一是股票来源的问题。《办法》明确规定，“实施股权激励计划所需标的股票来源，可以根据本公司实际情况，通过向激励对象发行股份、回购本公司股份及法律行政法规允许的其他方式确定，但不得由单一国有股股东支付或无偿量化国有股权。” G中信披露的首次股权激励计划分步实施方案共分配了2216.3116万股激励股票，其余783.6884万股系中央及地方国资委管理的28家国有企业出让的股份，由于目前尚未获得国资委批复，该部分股权暂存于中信集团账户内。
而备受争议的伊利股权激励方案规定，伊利第一步股权激励计划是向激励对象提供1200万股股票，当2006年、2007年公司净利润增长率大于或等于17％时，该部分激励股票即为激励对象所有，而且无需支付任何成本。 上述1200万股激励股票中有503.64万股来自呼和浩特投资有限责任公司。呼和浩特投资有限责任公司是公司控股股东，其实际控制人是呼和浩特市政府。可见，伊利是典型的国有控股上市公司，实施股权激励属于《试行办法》规范的范畴。 “虽然伊利的激励股票不是由单一国有股股东支付，但其中很大一部分来自国有股股东，而且还进行了无偿量化，因此涉嫌国资严重流失。”有专家分析说。
国有控股上市公司股权激励问题之二是激励对象的确定问题。由于许多国有控股公司并非整体上市，集团公司与上市公司的管理层中哪些人应当被激励，往往搀杂太多的利益考量。《办法》规定，母公司（控股公司）的负责人，在上市公司兼任职务者可以享受股权激励，但只能参与一家上市公司的股权激励计划。亦不乏一人同时在数家上市公司任职的情况，这就存在着利益冲突的可能。比如通过一家上市公司向另一家上市公司输送利益的办法，提升后者股价。
国有控股上市公司股权激励问题之三是如何衡量和考核管理层努力对上市公司业绩的影响。清华大学经济管理学院教授朱武祥认为，国有企业需具体分析其剩余价值来源。竞争型企业的剩余不完全是由国有资本带来的，笼统以国有资产不能流失来反对或推迟对管理层乃至全体员工的激励，是不科学的；垄断性行业则无需或暂缓股权激励，因其业绩与管理层关系不大。
国有控股上市公司股权激励问题之四是如何对高级管理人员个人股权激励预期收益水平予以确定。《办法》规定高级管理人员个人股权激励水平应控制在其薪酬总水平（含预期的期权或股权收益）的30%以内。按照这个规定，如果期权激励占薪酬总水平80％时的预期市价为8元，但是在实际执行期权时市价是10元。此时，管理层一定会执行该期权，而且执行该期权时可以获得单位额外收益2元。在这种情况下，管理层股权激励超过了《办法》的规定，公司应当如何解决？
