根据国家税务总局《关于加强新办商贸企业增值税征收管理有关问题的紧急通知》（国税发明电[2004]37号）的规定，一般纳税人纳税辅导期一般应不少于6个月。在辅导期内，主管税务机关应积极做好增值税税收政策和征管制度的宣传辅导工作，同时按以下办法对其进行增值税征收管理：
(1)辅导期一般纳税人的增值税防伪税控开票系统最高开票限额原则上不得超过1万元，如果开票限额确实不能满足实际经营需要的，主管税务机关可根据纳税人实际经营需要，经审核，按照现行规定审批其增值税防伪税控开票系统最高开票限额和数量。
专用发票的领购实行按次限量控制，主管税务机关可根据企业的实际年销售额和经营情况确定每次的专用发票供应数量，但每次发售专用发票数量不得超过25份。
(2)企业按次领购数量不能满足当月经营需要的，可以再次领购，但每次增购前必须依据上一次已领购并开具的专用发票销售额的4%向主管税务机关预缴增值税，未预缴增值税税款的企业，主管税务机关不得向其增售专用发票。
(3)对每月第一次领购的专用发票在月末尚未使用的，主管税务机关在次月发售专用发票时，应当按照上月未使用专用发票份数相应核减其次月专用发票供应数量。
(4)对每月最后一次领购的专用发票在月末尚未使用的，主管税务机关在次月首次发售专用发票时，应当按照每次核定的数量与上月未使用专用发票份数相减后发售差额部分。
(5)在辅导期内，商贸企业取得的专用发票抵扣联、海关进口增值税专用缴款书和废旧物资普通发票以及货物运输发票要在交叉稽核比对无误后，方可予以抵扣。
(6)企业在次月进行纳税申报时，按照一般纳税人计算应纳税额方法计算申报增值税。如预缴增值税税额超过应纳税额的，经主管税务机关评估核实无误，多缴税款可在下期应纳税额中抵减。