会计处理上，对于出租人提供免租期的，出租人应当将租金总额在不扣除免租期的整个租赁期内，按直线法或其它合理的方法进行分配，免租期内出租人应当确认租金收入。而承租人则应将租金总额在不扣除免租期的整个租赁期内，按直线法或其它合理的方法进行分摊，免租期内应当确认租金费用。但是在营业税、印花税、房产税、企业所得税等税收处理上却与会计处理存在歧异，本文以是否具有关联关系为例分别试析之：
【例1】某市市区A商场将临街铺面租赁给B连锁零售公司，签订经营租赁合同，双方非关联方，约定租赁期开始日为2009年1月1日，2009-2010两年免除租金，2011年-2013年每年收取租金200万元。分别于年初1月1日预付当年租金。
1、印花税问题：
由于租赁合同属于印花税征税范围，因此应当在签订租赁合同时自行贴花完税，应交印花税=全部租金600万×0.1%=6000元：
借：管理费用 6000
贷：银行存款 6000
2、企业所得税问题：
假设按直线法平均确认租金收入，2009年应确认租金收入=600÷5=120万：
借：应收账款 120万
贷：其他业务收入 120万
根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第19条规定：租金收入按照合同约定的承租人应付租金的日期确认收入的实现，因此2009-2010年均不确认租金收入，企业每年确认的租金收入120万元作纳税调减处理，2011年-2013年企业每年确认租金收入120万元，而税法确认的租金收入为200万元，每年纳税调增80万元。前两年调减240万元，后三年调增240万元，属于暂时性差异。
3、营业税问题：
如果双方系非关联企业，则按照《中华人民共和国营业税暂行条例》第12条及其实施细则24条关于营业税纳税义务发生时间的规定，即收取营业收入款项指纳税人应税行为发生过程中或者完成后收取的款项，取得索取收入款项凭据的当天，为书面合同确定付款日期的当天，未签订书面合同或者书面合同未确定付款日期的，为应税行为完成的当天。由本例可知，由于合同约定2009年免付款，因此2009年未发生营业税应纳税义务，但是会计上从配比原则出发，应当确认营业税金：
借：营业税金及附加 6（120×5%）
贷：递延税款——应交营业税 6
2011年年初预收200万元租金时确认营业税纳税义务，应纳营业税200×5%=10万：
借：递延税款——应交营业税 4
营业税金及附加 6
贷：应交税费——应交营业税 10
交纳营业税时：
借：应交税费——应交营业税 10
贷：银行存款 10
2012年与2013年均作相同会计处理。
4、房产税问题：
根据财税地字[1986]第008号《关于房产税若干具体问题的解释和暂行规定》第七条：纳税单位和个人无租使用房产管理部门、免税单位及纳税单位的房产，应由使用人代缴纳房产税，我们认为含有免租期的经营租赁方式如果不存在关联交易，则并不属于上述规定中的无租使用情况，理由是提供免租期的目的还是为了获得租金，并不是以不获取租金为目的的无租租赁，因此2009-2010年没有房产税从租计征依据，2011-2013年以实际收取的租金确认房产税纳税义务，由于房产税系地方税，各省级政府有权设定税收条款，目前有的省级政府规定以实际收到租金时确认纳税义务发生，而有的省级政府则将预收的租金按权责发生制原则确认每季或半年的纳税义务发生，假设采取前种方式，则该商场2011-2013年度收取租金时：
借：管理费用 24
贷：应交税费——应交房产税 24
借：应交税费——应交房产税 24
贷：银行存款 24
【例2】某市市区A商场将临街铺面租赁给B连锁零售公司，签订经营租赁合同，双方系关联方，即B公司是A商场与D公司合资组建的，约定租赁期开始日为2009年1月1日，2009-2010两年免除租金，2011年-2013年每年收取租金200万元。分别于年初1月1日预付当年租金。
1、印花税问题，由于印花税是对租赁合同征税，所以不管是否具有关联交易，均以合同所载租金为计税依据，自行计算印花税并自行贴花，即按照600万租赁费计算应纳印花税6000元。
借：管理费用 6000
贷：银行存款 6000
2、营业税问题，首先要注意租赁双方是否系关联企业，是否按照独立交易原则确认租赁条款，如果双方系关联企业且未按照独立交易原则处理租赁事宜，则按照《中华人民共和国营业税暂行条例》第7条及其实施细则第20条价格明显偏低且无正当理由重新确定其营业额征收营业税，假设某商场2009年当年租赁的其他商铺年租金100万，则核定征收营业税100万×5%=5万元，作账务处理如下：
借：营业税金及附加 5
贷：应交税费——应交营业税 5
支付时：
借：应交税费——应交营业税 5
贷：银行存款 5
以后各年均如此处理，即价格明显偏低（包括无租使用）且无正当理由的均应重新核定其营业额据以征收营业税。
3、企业所得税问题，根据《中华人民共和国企业所得税法》第41条第1款规定：企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整，因此企业应当调增2009当年所得额95万元，（按独立交易原则确认租金收入100万，扣除营业税5万，假设不考虑附加），但要注意调整时应当与企业进行沟通，这不同于核定纳税。
4、房产税问题，根据财税地字[1986]第008号《关于房产税若干具体问题的解释和暂行规定》第七条：纳税单位和个人无租使用房产管理部门、免税单位及纳税单位的房产，应由使用人代缴纳房产税。
由于A与B系关联企业，如果能够确定其房租交易未按照独立交易原则进行，则对2009-2010两年未收取的租金由使用人主管税务部门按照同地段同类型租金对B企业核定征收房产税。2011-2013年由A企业主管税务部门评估每年200万元租金是否公允，在此基础上从价征收房产税。