企业所得税法实施前的企业所得税汇算清缴，一般都是纳税人将收入总额和扣除项目金额按照税法的规定调整后，填制年度所得税纳税申报表，连同财务决算报告一并在汇算清缴期内向主管税务机关进行申报，结清应补、应退税款即可。
而企业所得税法实施后，企业所得税汇算清缴将按照《中华人民共和国企业所得税法》和《特别纳税调整实施办法（试行）》的规定操作，与以前有所不同，除报送年度所得税纳税申报表和财务决算报告外，还要进行关联申报和准备同期资料。在这两个环节中，企业需要格外注意如下要点以减少失误。
注意关联申报的认定、时限与内容
关联申报是税务机关进行转让定价调查、审查关联交易价格是否 合理、决定是否对应纳税款做出调整的重要依据，企业必须高度重视。
首先，企业要弄清交易双方是否存在税法规定上的关联关系。在企业所得税法实施条例中，提出了判断是否存在关联关系的3个条件，《特别纳税调整实施办法（试行）》又将其扩展为8个条件。在操作中，企业应一一对照与其交易的一方是否存在税法规定上的关联关系，如果符合其中一个条件，就应该将与其发生的交易确定为关联申报的内容，否则就不必进行关联申报。
其次，企业需注意关联申报的时间规定。根据企业所得税法规定，企业在向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表时，应该同时附送企业年度关联业务往来报告表。也就是说，企业进行关联申报的时间应该与办理年度所得税汇算清缴申报同时进行，即应该在年度终了后次年的5月31日前进行。
最后，企业应注意关联申报的内容和申报方法。根据《特别纳税调 整实施办法（试行）》规定，纳税人进行关联申报的内容包括有形资产的购销、转让和使用（房屋建筑物、交通工具、机器设备、工具、商品、产品等有形资产的购销、转让和租赁）、无形资产的转让和使用（土地使用权、版权、著作权、专利、商标、客户名单、营销渠道、牌号、商业秘密和专有技术等特许权以及工业品外观设计或实用新型等工业产权的所有权转让和使用权的提供）、融通资金情况（各类长短期资金拆借和担保以及各类计息预付款和延期付款业务）以及提供劳务（市场调查、行销、管理、行政事务、技术服务、维修、设计、咨询、代理、科研、法律、会计事务）等情况。申报方法主要是将上述内容一一对应填入《关联关系表》、《关联交易汇总表》、《购销表》、《劳务表》、《无形资产表》、《固定资产表》、《融通资金表》、《对外投资情况表》以及《对外支付款项情况表》等报表相应栏目，再与年度企业所得税纳税申报表、财务决算报告一同报主管税务机关。
注意准备同期资料的时限、内容与免除条件
同期资料与关联申报密切相关，也是进行转让定价调查、审查关联交易价格是否合理的依据，即有关联申报业务的企业一般就应该准备同期资料，但它与关联申报的要求有所不同。
首先，除另有规定外，同期资料亦应在关联交易发生年度次年的5月31日前准备完毕，但不随企业所得税年度纳税申报表及关联报告表同时报送，而只在税务机关需要时提供。
其次，除另有规定外，年度发生的关联购销金额（来料加工业务按年度进出口报关价格计算）在2亿元人民币以下且其他关联交易金额（关联融通资金按利息收付金额计算）在4000万元人民币以下，或者关联交易属于执行预约定价安排所涉及的范围以及外资股份低于50％且仅与境内关联方发生关联交易的企业，可免于准备同期资料。
再次，企业需准备的同期资料， 主要包括5个方面内容：
一是组织结构情况。包括企业所属的企业集团相关组织结构及股权结构、企业关联关系的年度变化情况、与企业发生交易的关联方信息、各关联方适用的具有所得税性质的税种与税率及相应可享受的税收优惠等。
二是生产经营情况。包括企业的业务概况、主营业务构成、所处的行业地位及相关市场竞争环境的分析、内部组织结构以及企业集团合并财务报表等。
三是关联交易情况。包括关联交易类型、参与方、时间、金额、结算货币、交易条件；关联交易所采用的贸易方式、年度变化情况及其理由；关联交易的业务流程；关联交易所涉及的无形资产及其对定价的影响；与关联交易相关的合同或协议副本及其履行情况的说明；对影响关联交易定价的主要经济和法律因素的分析；以及关联交易和非关联交易的收入、成本、费用和利润的划分情况等。
四是可比性分析。包括可比性 分析所考虑的因素、可比交易的说明、可比数据的差异调整及理由以及可比信息来源选择条件及理由等。
五是转让定价方法的选择和使用情况。包括转让定价方法的选用及理由、可比信息如何支持所选用的转让定价方法、确定可比非关联交易价格或利润的过程中所做的假设和判断、运用合理的转让定价方法和可比性分析结果、确定可比非关联交易价格或利润、遵循独立交易原则的说明以及其他支持所选用转让定价方法的资料等。
最后，企业还应注意保存时间。同期资料必须注明资料来源及出处，加盖单位公章，并由法定代表人或其授权的代表签字或盖章后，自关联交易发生年度的次年6月1日起保存10年。
还需要注意的是，对于没有按照规定进行关联申报或者没有按规定准备、提供、保管同期资料，致使税务机关无法进行相关分析和调查的，主管税务机关将依法核定其应纳税所得额，并依照征管法的有关规定对其进行处罚。