1.增值税的核算不规范，未按规定进行相关明细核算，如一般纳税人未设置“未交增值税”科目核算应交而未交及多缴的税额；或对留抵税额也通过“未交增值税”科目核算，出口退税通过所谓的“补贴收入”科目核算等等，造成增值税核算混乱。
2.运用“发出商品”科目核算发出的存货，引起缴纳增值税时间上的混乱，按照增值税条例规定，如采取直接销售收款方式，商品（产品）发出后，即负有纳税义务（不论是否开具发票）。
3.行政管理部门等领用原材料、非正常损耗原材料，原材料所负担的进项税额并没有做转出处理，领用的产成品亦未视同销售处理。
4.销售废料，没有计提并缴纳增值税。
5.对外捐赠原材料、产成品未计提相应的销项税额。
6.为降低税负，有些企业接受虚开增值税专用发票用于进项抵扣。对会计人员来说，虚开及接受虚开增值税专用发票可能构成严重的刑事犯罪。
7.一般纳税人每月的税负率恒定，企业本意往往是希望人为控制税负水平或为了不引起税务局对异常申报的关注，而实际上正说明了“此地无银三百两”，因为通常进货与销售并不会同步，每月的税负率出现适当波动才是正常的。
8.取得的增值税专用发票的开具方与收款人不一致，依规定如果收款人与发票开具方不一致，不可以抵扣增值税进项税额。
9.小规模纳税人达到规定的销售额时，可能会被强制认定为一般纳税人，因此，企业应做好相关准备。尤其是快要达到规定销售额时，不宜保留太多存货，否则被强制认定一般纳税人后，该项存货销售时须按17%等税率，进项却没有抵扣，不划算。一般纳税人转正时，通常是半年就需要达到100万（工业）或180万（商业）的销售额，否则，难以转正。
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