按照“财税[2009]29号文”《关于企业手续费及佣金支出税前扣除政策的通知》的精神，企业应该在“销售费用”会计科目下增设“手续费及佣金”明细费用项目，专门核算企业实际支付的手续费及佣金。
同时，企业在会计核算时，必须关注以下问题：
1.企业必须分清“手续费及佣金”与回扣、业务提成、返利、进场费等费用的界限，不得将“手续费及佣金”支出计入回扣、业务提成、返利、进场费等费用，以逃避税前扣除的相关限制。
2.企业必须分清资本性支出与费用化开支的界限。凡是应该计入固定资产、无形资产等相关资产的手续费及佣金支出，不得计入当期的销售费用而一次性税前扣除，必须按照企业会计准则的规定，通过折旧、摊销等方式分期扣除。
某工业企业拟通过竞拍方式获取土地一宗，用于自建厂房。2009年2月18日该企业通过竞拍成功获取土地40亩，其土地价款为1亿元。按照与拍卖公司签订的《拍卖合同》约定，该公司应该支付土地拍卖拥金200万元给拍卖公司。这200万元的拍卖拥金，按照企业会计准则的规定，应该计入“无形资产――土地使用权”，构成土地价值的组成部分，按照土地使用年限分年摊入成本费用而税前扣除。
如果该企业将200万元的拍卖拥金计入了2009年的当期费用，按照“财税[2009]29号文”规定，是不可以税前扣除的。
3.企业必须如实核算收入与支出，不得将应该支付的手续费及佣金直接冲减服务协议或合同金额。
某房地产开发企业与××营销代理公司签订了《商品房委托代理销售合同》，合同中约定销售总金额为3亿元，房产公司支付销售佣金600万元（占合同金额的2%）。正确的处理方式是：营销代理公司将商品房销售款3亿元按照合同约定支付给房产公司，而房产公司也支付销售佣金600万元，并取得合规的票据，房产公司支付的佣金完全是可以税前扣除的。
但是，如果营销代理公司将销售佣金600万元从应该支付的商品房销售款3亿元中扣除，仅仅支付房产公司2.94亿元，房产公司按照2.94亿元作为销售收入处理。那么，按照规定房产公司的收入是不能以抵减销售佣金后金额进行处理的，明显存在涉税风险。