1.成本费用中公司费用与股东个人消费混杂在一起不能划分清楚，按照《个人所得税法》及国家税务总局的有关规定，上述事项视同为股东从公司分得了股利，须代扣代缴个人所得税，相关费用不得计入公司成本费用。
2.在以现金方式支付员工工资时，无员工签领确认的工资单；或虽有签字，皆为同一人笔迹；或公司员工的工资上限都人为控制在个人所得税的扣税标准左右或以内；给人以假账嫌疑。
3.很多公司财务人员忽视了印花税的申报（如实收资本及资本公积的印花税、会计账簿的印花税等）。
4.一些公司财务人员忽视了房产税的申报，关联方提供办公场地、生产场地给企业使用，未按规定申报房产税，在税务稽查时会带来补税、罚款及加收滞纳金的风险。
5.将应由出租公司承担的税金在本公司列支，计税依据被降低，变向偷逃了营业税等，也不可以在企业所得税前列支。
6.免抵退生产企业未按照当期免抵税额计缴城建税及教育费附加。
7.公司可以向税局申请返还最近三年代扣代缴个人所得税纳税总额2%的代扣代缴手续费，且用于办税人员的开支可免个人所得税，不少代扣代缴个人所得税较多的公司未及时办理返还手续，造成损失。
8.新认定的高新技术企业在三年内，缴纳的增值税比上年度增长部分，可以申请返还地方财政分成的一半（即缴纳增值税的增量部分12.5%），不少企业未及时办理。
9.股东个人的股票投资以公司名义进行，如果出现收益，将额外增加企业所得税税负及由此产生的利润分红所导致的个人所得税税负，不划算。
10.公司终止经营时，不办理税务注销，该公司法定代表人和股东将上黑名单，今后如在深圳再设立公司等，须处理完遗留事情后方可办理。
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