由于会计制度与税法规范的对象和目标不同，两者的差异无法消除。如果以税法为依据进行会计核算，会导致会计信息失真，如果以会计核算的收入和利润作为计算流转税和所得税的计税依据将会弱化税收职能，因此“财税合一”的思路是行不通的，我国采取了国际通行的做法——财税适度分离。从企业所得税纳税申报表的3次演变来看，由过去的以利润表为基础，逐步改变为以税法口径的“收入总额”减“扣除项目”格式设计，显示出税法与会计制度的“独立性”。随着会计、税收理论研究的进一步深入，会计与税法的差异也会越来越大。
处理原则
对会计与税法差异的处理应坚持统一性与独立性两项原则。
1.统一性原则
如前所述，会计与税法的差异是无法避免的，但如果制定税法时完全不考虑会计处理方法，将会无端产生许多不必要的差异。这些差异是没有必要的。例如《企业所得税税前扣除办法》第三十四条规定：“为购置、建造和生产固定资产、无形资产而发生的借款，在有关资产购建期间发生的借款费用，应作为资本性支出计入有关资产的成本；有关资产交付使用后发生的借款费用，可在发生当期扣除。”税法对借款费用停止资本化的时间确定在“有关资产交付使用时”，而《企业会计准则第17号——借款费用》准则确定停止资本化的时间在“有关资产达到预定可使用或者可销售状态时”。如果“预定可使用状态”与“交付使用”还有一个时间段，那么会计资本化金额与税法资本化金额是不同的，由此造成固定资产的会计成本与计税成本的差异将直接影响到会计折旧与税法折旧的差异。本人认为这类操作口径上的差异应当协调一致，制定税法时应当尽量参照会计制度的相关规定，毕竟计算税款的基础数据是以会计为基础的。
2.独立性原则
只有会计处理和税务处理保持各自的独立性，才能保证会计信息的真实性和应纳税额的准确性。《税收征管法》第二十条规定：“纳税人、扣缴义务人的财务、会计制度或者财务、会计处理办法与国务院或者国务院财政、税务主管部门有关税收的规定抵触的，依照国务院或者国务院财政、税务主管部门有关税收的规定计算应纳税款、代扣代缴和代收代缴税款。”《企业所得税法》第二十一条规定：“在计算应纳税所得额时，企业财务、会计处理办法与税收法律、行政法规的规定不一致的，应当依照税收法律、行政法规的规定计算纳税。”因此，在进行会计核算时，所有企业都必须严格执行会计制度（企业会计制度、会计准则等）的相关要求，进行会计要素的确认、计量和报告。在完成纳税义务时，必须按照税法的规定计算税额，及时申报缴纳。
处理方法
1.纳税调整
流转税：流转税需要纳税调整的项目，例如销售货物、转让无形资产、销售不动产、提供应税劳务时向客户收取的违约金、延期付款利息、集资款、手续费、代收款项、代垫款项等。又如房地产企业取得的预收账款需并入当期营业额计征营业税。流转税按月计征，月末按照税法规定计算出应纳税额提取并申报缴纳。
所得税：企业所得税和个人所得税（指个人独资企业、合伙企业、个体工商户的生产、经营所得）实行按月或按季预缴，年终汇算清缴，多退少补的征收方式。企业在报送年度所得税纳税申报表时，需要针对会计与税法的差异项目进行纳税调整，调整过程通过申报表的明细项目反映。
2.所得税会计
由于会计制度与税法在资产、负债、收益、费用或损失的确认和计量原则不同，从而导致按照会计制度计算的税前利润与按照税法规定计算的应纳税所得额之间差异，即永久性差异和暂时性差异。
永久性差异在本期发生，不会在以后各期转回，永久性差异与会计利润之和乘以适用税率计算的应交所得税作为当期所得税费用。
暂时性差异是指资产或负债的账面价值（会计成本）与其计税基础（计税成本）之间的差额；未作为资产和负债确认的项目，按照税法规定可以确定其计税基础的，该计税基础与其账面价值之间的差额，也属于暂时性差异。暂时性差异分为应纳税暂时性差异和可抵扣暂时性差异。根据《企业会计准则第18号——所得税》规定，对暂时性差异统一采用资产负债表债务法进行会计核算，对应纳税暂时性差异和可抵扣暂时性差异分别确认递延所得税负债和递延所得税资产，以后年度申报所得税时可直接依据账面应转回的金额填制企业所得税纳税申报表。
运用资产负债表债务法明细核算每一项暂时性差异，可以彻底取代纳税调整台账（或备查簿），会计与所得税法的差异问题将迎刃而解。