对增值税一般纳税人进行纳税评估，税负率是重要的评价指标，税务机关和纳税人都需要分析企业的税负率是否合理。实行金税工程以后，税务机关获取行业平均数据比较容易，但如何把握不同企业之间的个体差异难度比较大。分析企业税负率的合理性必须从企业的经营特征入手，生产相同产品的企业，由于生产经营方式不同，税负率会有比较大的差异。具体分析可以从以下几点着手：
1、分析企业的价值链
制造企业的价值链通过包括了研发设计、采购、生产制造、销售、运输、售后服务、行政人力资源等部分。对于一个独立的企业，往往内部囊括了以上价值链的全部，各个部分产生的增加值在同一家公司汇集，企业税负比较高。对于集团公司，内部价值链各个部分可能是分开的，因此，每家企业的增值税税负比较低。
2、分析企业的生产方式
企业的加工费用包括了折旧、人工、辅助生产的费用，这些费用都没有对应的进项可以抵扣。但如果企业将部分产品发外加工，对方开具专用发票，这些加工费就产生了进项，企业销售额相同的情况下，交纳的增值税减少，税负下降。企业高速成长过程中，选择发外加工模式的情况很普遍，所以分析税负率时，要分析企业是否存在发外加工的情况。
3、分析企业的运输方式
现在企业销售产品往往是送货到对方的仓库，运输成本比较高。运输费用的处理有不同的方式，我们比较两种常见方式的税负差异：一是买方承担，运输公司直接开具发票给买方；一是卖方承担，运输公司直接开具发票给卖方。
4、分析企业产品的市场定位
现在分析税负时比较强调同行业比较。其实，同一行业的企业在市场中的定位往往不同。有些企业树立品牌形象，走高端路线，产品品质好，销售价格贵。有些产品重视低成本运作，重视大众市场，市场容量大，赢在薄利多销。由于市场地位不同，产品的毛利不一样，利润是增值额的一部分，利润越高，税负越高。因此同一行业中，做高端产品的企业税负比较高，做低端产品的企业税负比较低。
5、分析企业的销售策略
影响增值税税负的因素还包括企业的销售策略。基本的营销策略有两种：一种是推动式。方式的特点是给予经销商大的折扣、优惠、返点、奖励，靠经销商来推动市场。另一种是拉动式。方式特点是通过品牌运作、广告投入、营销活动使最终消费者对产品认同、产生好感，拉动市场，对经销商没有特别的奖励和优惠。