随着国库集中支付制度改革的深入，由于预算单位性质和项目类别不同，预算资金垫付的现象时有发生。如每年的预算报人代会审议通过要到三、四月份，而财政年度从每年的1月1日开始，在这个时间差内，项目预算未下达。如果预算单位要开展项目，通常会用单位的结余资金、原账户资金和借款来垫付，待正式项目预算指标下达后，由于款项已垫付，正式项目预算指标只能归还垫付资金。为避免预算执行中的漏洞，财政部门要求预算单位垫付的资金必须规范归集，按规范程序归还。
一、预算单位垫付资金会计处理的问题
目前，预算单位垫付的资金，通过“暂付款”、“预付账款”或“其他应收款”科目核算并归集，待预算资金到位后，按规定再将垫付的款项归还原资金。
预算单位在项目资金没有到位而发生支出时，垫付资金的会计处理为：行政单位借记“暂付款——××项目”，贷记“银行存款”；事业单位借记“其他应收款（预付账款）——××项目”，贷记“银行存款”。待财政指标下达．财政部门依据预算单位按“暂付款”或“其他应收款（预付账款）”科目归集起来的垫付数额，于财政部门审核认可后，为预算单位办理相关手续进行归还。预算单位收到归还资金时，会计处理为：行政单位借记“银行存款”，贷记“拨入经费”，同时借记“经费支出——××项目”，贷记“暂付款——××项目”。事业单位借记“银行存款”科目，贷记“财政补助收入”科目，同时借记“事业支出——××项目”，贷记“其他应收款（预付账款）——××项目”。
笔者认为上述会计处理有待商榷。首先，按《行政单位会计制度》（财预字[1998]49号）第十七条和《事业单位会计准则》（财预字[1997]286号）第十六条规定，财政资金的会计核算以收付实现制为基础；《行政单位财务规则》和《事业单位财务规则》中规定：“支出是指行政（事业）单位为开展业务活动所发生的资金耗费”，在上述垫付资金的业务活动中，项目资金已经付款且符合支出定义，仅因为预算资金未到位就人为改变记账科目，用往来款平衡收支显然不符合有关支出的定义，也和行政事业单位收付实现制的记账基础矛盾。其次，《会计法》第九条规定：“各单位必须根据实际发生的经济业务事项进行会计核算，填制会计凭证，登记会计账簿，编制财务报告”，财政部制定的《行政事业单位会计决算报告制度》第二十条规定：“各级行政事业单位凡属本年各项收入应及时入账，属于本年的各项支出，应按规定的支出渠道如实列报”。即行政事业单位财务报告应以实际发生的经济业务事项为基础。而上述会计处理将应计人项目支出的资金归集在往来款中，人为调节支出，造成行政事业单位提供的会计信息与实际情况不符。
二、预算单位垫付资金会计处理改进建议
当预算单位垫付资金时，按《行政单位财务规则》（财政部令第9号）和《事业单位财务规则》（财政部令第8号）规定的收付实现制进行会计核算，根据实际垫付数进行会计处理为：行政单位借记“经费支出——××项目”，贷记“银行存款”；事业单位借记“事业支出——××项目”，贷记“银行存款”。
在这种情况下，垫付资金不仅按其固有的支出渠道进行归集，而且能反映项目支出进度，待垫付的资金财政指标下达，财政部门对归集的垫付资金进行审核确认后，办理资金归还手续。预算单位收到归还垫付资金时，会计处理为：行政单位借记“银行存款”，贷记“拨入经费”；事业单位借记“银行存款”，贷记“财政补助收入”。
但是，如果垫付资金由于种种原因当年财政指标不能下达，不能在同一个会计年度办理归还手续，那么这部分资金将在年终因收入与支出不能配比出现负结余。根据《2008年度部门决算编制手册》收入支出决算表（财决02表）要求，“该表年末结余填列单位结转下年的基本支出结余、项目支出结余和经营结余，除事业单位经营亏损和事业单位行业会计制度明确可列负结余的情况外，一般不应有负数”。在这种情况下这部分资金在年末部门决算中无法反映。根据《行政单位会计制度》和《事业单位会计制度》的规定：年末结余=上年结余+本年收入一本年支出，只要本年收入与上年结余之和小于本年支出，在垫付项目资金不需要基金弥补的情况下年末结余就必然是负结余，因此行政事业单位出现负结余符合逻辑，也不违背《会计制度》的规定。部门决算报表中收入支出决算表（财决02表）是全口径反映行政事业单位在一个会计年度内全部收入、支出和结余的会计报表，其年末结余金额的大小、正负取决于本年收入、本年支出、年初结余的大小，人为规定结余不能为负的做法欠妥。在出现“支出>结余（年初）+收入”时，尤其是存在垫付资金的情况下，不能为避免出现负结余而人为使用往来科目调节支出数额。根据《会计法》、《行政单位财务规则》、《事业单位财务规则》以及《行政事业单位会计决算报告制度》相关要求，硬性规定财决02表年末结余不能为负不符合披露原则。因此，要使垫付资金既能按《会计制度》进行账务处理，又能在部门决算报表中如实反映，建议在不变更收付实现制的记账基础情况下，取消部门决算编制中财决02表关于“一般情况下不得有负结余”的规定。
经过上述会计修正，在国库集中支付条件下垫付的资金既能按项目资金管理要求进行归集又能按会计制度的要求进行账务处理，并最终能在部门决算报表中如实反映。