按照税法规定，企业代收的款项要分别按照规定缴纳增值税、消费税或营业税，支付的与取得收入无关的费用不准许在企业所得税前扣除，但企业代收和缴纳的财政性资费则另有规定。目前企业有以下三方面的代收基金和费用，其相应的税务处理各不相同。
（一）企业代收的政府性基金和行政事业性收费的税务处理
第一，在《增值税暂行条例实施细则》第十二条、《消费税暂行条例实施细则》第十四条以及《营业税暂行条例实施细则》第十三条中都明确规定，纳税人同时符合以下条件代为收取的政府性基金或者行政事业性收费不属于价外费用，不记入销售（营业）收入总额中计征增值税、消费税或营业税。它们是：由国务院或者财政部批准设立的政府性基金，由国务院或者省级人民政府及其财政、价格主管部门批准设立的行政事业性收费；收取时开具省级以上财政部门印制的财政票据；所收款项全额上缴财政。同时，《企业所得税法》第七条和《企业所得税法实施条例》第二十六条规定，企业依照法律法规等有关规定，按照国务院规定程序批准，在实施社会公共管理，以及在向公民、法人或者其他组织提供特定公共服务过程中，向特定对象收取并纳入财政管理的行政事业性收费以及依照法律、行政法规等有关规定，代政府收取的具有专项用途的政府性基金，不征收企业所得税。如自来水公司代收的水污染处理费、水泥厂代收的散装水泥基金等等。
第二，根据《财政部、国家税务总局关于财政性资金行政事业性收费政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2008〕151号）规定，企业依照法律、法规及国务院有关规定收取并上缴财政的政府性基金和行政事业性收费，准予作为不征税收入计入收入总额，于上缴财政的当年在计算应纳税所得额时从收入总额中减除；未上缴财政的部分，不得从收入总额中减除。因此，企业要及时将代收的各种政府性基金和行政事业性收费上缴财政部门，以减少核算中的麻烦和多缴纳企业所得税的风险。如代收的城市垃圾处理费、市政公用设施有偿使用费、河套治理费等。
（二）缴纳的政府性基金和行政事业性收费的税务处理
根据财税〔2008〕151号文件规定，企业按照规定缴纳的、由国务院或财政部批准设立的政府性基金以及由国务院和省、自治区、直辖市人民政府及其财政、价格主管部门批准设立的行政事业性收费，准予在计算应纳税所得额时扣除。除此之外，企业缴纳的其他不符合上述审批管理权限设立的基金、收费，不得在计算应纳税所得额时扣除。
（三）收到的财政性补贴资金的税务处理
第一，根据《企业所得税法》第七条和《企业所得税法实施条例》第二十六条规定，企业取得各级人民政府对纳入预算管理的事业单位、社会团体等组织拨付的财政资金，以及取得由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金为不征收企业所得税的收入。如贷款贴息、先征后退的增值税退税款等。但国务院和国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。
第二，根据财税〔2008〕151号规定，企业取得符合以下条件的财政性资金准予作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除：
1.企业取得的由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金。
2.纳入预算管理的事业单位、社会团体等组织按照核定的预算和经费报领关系收到的由财政部门或上级单位拨入的财政补助收入。但国务院和国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。
总之纳税人需要注意以下三点：
1.企业取得的财政性资金，是指企业取得的来源于政府及其有关部门的财政补助、补贴、贷款贴息，以及其他各类财政专项资金，包括直接减免的增值税和即征即退、先征后退、先征后返的各种税收，但不包括企业按规定取得的出口退税款。
2.企业取得的不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除；企业的不征税收入用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。
3.企业取得的各类财政性资金，均应先计入企业当年收入总额，然后按照企业所得税的计算程序，依照上述规定在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。但国家以投资者身份投入企业、并按有关规定相应增加企业实收资本（股本）的直接投资以及投入的资金在使用后要求归还本金的除外。